Андрей Григорьевич Черненко родился 19 августа 1953 года в Хабаровске. Окончил факультет журналистики МГУ имени М.В.Ломоносова в 1980 году. После службы в армии работал в ряде газет.
С 1989 года возглавлял пресс-службу Министерства внутренних дел СССР, с 1992 года - начальник Центра общественных связей Министерства безопасности РФ. Затем был заместителем председателя Комитета РФ по печати.
С января 1995 по 1997 год - заместитель, первый заместитель министра РФ по делам национальностей и региональной политике.
С сентября 1997 по 1998 год - начальник управления информации и общественных связей МВД РФ.
С 19 мая 1998 года - начальник Главного управления кадров и кадровой политики Министерства внутренних дел Российской Федерации. С 1999 года - заместитель министра внутренних дел РФ.
С 25 мая по август 1999 года - руководитель аппарата правительства РФ - министр РФ.
С 3 сентября 1999 по февраль 2002 года - директор Государственной фельдъегерской службы при правительстве РФ, затем Государственной фельдъегерской службы Российской Федерации.
С 26 февраля 2002 по апрель 2003 года - заместитель министра внутренних дел РФ - начальник Федеральной миграционной службы Министерства внутренних дел РФ.
С апреля 2003 года - первый заместитель полномочного представителя президента РФ в Северо-Западном федеральном округе.
С августа 2003 года - и. о. полпреда президента РФ в Северо-Западном федеральном округе.
20 июля 2004 года Указом президента России В.Путина назначен директором Федеральной миграционной службы РФ.
Воинское звание - генерал-полковник внутренней службы.