Специалисты объясняют это падением уровня производства московских предприятий. Вместе с тем в 2002-2003 годах, несмотря на внедрение в городе новой системы сбора и удаления снега и запрет на сброс снега в реку, отмечен рост уровня содержания взвешенных и органических веществ в открытых водоемах города. Высокие концентрации взвешенных веществ в водоемах Москвы в 2003 году объясняются большим количеством осадков и, как следствие, увеличением объемов поверхностного стока.
Продолжается снижение концентраций нефтепродуктов в водоемах, расположенных во всех административных округах города. В реке Сетунь на территории Западного административного округа, протекающей через промышленные зоны, не выявлено превышений предельно допустимых концентраций нефтепродуктов, тогда как в 2002 году были зарегистрированы превышения в 7 случаях. Аналогичная тенденция отмечена в Северо-Восточном, Восточном, Северном, Южном, Центральном и Юго-Западном административных округах.
Неудовлетворительным остается состояние водоохранных зон и прибрежных защитных полос водных объектов, зон природного комплекса, зачастую превращаемых хозяйствующими субъектами и населением в свалки. Остро стоит также проблема реабилитации малых рек.
