Администрация президента РФ была создана указом президента ь13 от 19 июля 1991 года в качестве рабочего аппарата для обеспечения деятельности президента РСФСР и вице-президента РСФСР, реализации конституционных полномочий президента РСФСР.
С 1991 года администрацию возглавляли последовательно:
Юрий Петров (1991-1993),
Сергей Филатов (1993-1996),
Николай Егоров (1996),
Анатолий Чубайс (1996-1997),
Валентин Юмашев (1997-1998),
Николай Бордюжа (1998-1999),
Александр Волошин (1999-2003).
В настоящее время руководителем администрации является Дмитрий Медведев.
Первая реорганизация администрации проводилась в конце 1991 - начале 1992 года, когда был упразднен Государственный Совет и на его месте создан Совет безопасности.
В конце 1992 года, когда администрацию возглавил Сергей Филатов, она стала представлять собой сообщество аналитических центров, рабочих групп и групп экспертов.
Следующую реорганизацию в 1996 году начал Николай Егоров: были созданы четыре новых управления, реформированы два существующих и произведено сокращение штатов в администрации президента на 20%.
В соответствии с указом президента РФ "О мерах по совершенствованию структуры администрации президента Российской Федерации" от 25 июля 1996 года были ликвидированы: Главное управление Президента по вопросам конституционных гарантий прав граждан, Главное управление Президента по вопросам государственной службы и кадров, Главное управление по вопросам внутренней и внешней политики государства, Главное программно-аналитическое управление.
Тогда же были введены такие должности как первый заместитель руководителя администрации президента и заместитель руководителя администрации президента.
Ликвидирована государственная должность первого помощника президента.
По представлению Анатолия Чубайса 2 октября 1996 года указом главы государства утверждено Положение об администрации президента, состоящей из 40 подразделений.
В состав администрации были интегрированы ранее напрямую подчинявшиеся президенту аппарат Совета Безопасности и Служба помощников.
Позже в структуру вносились изменения, направленные на укрупнение подразделений администрации.
В соответствии с указом президента "О мерах по совершенствованию структуры администрации президента РФ от 12 февраля 1998 года был упразднен Центр президентских программ и его функции переданы Экономическому управлению президента.
Сокращены две должности помощника президента и две должности советника президента. В структуре администрации - 20 подразделений.
В декабре 1998 года новым руководителем кремлевской администрации был назначен Николай Бордюжа, занимавший одновременно пост секретаря Совета Безопасности. С его приходом была проведена реформа администрации, изменен порядок подготовки и прохождения документов, повышена роль заместителей: их у него стало 10.
В соответствии с указом президента от 30 декабря 1998 года в администрации проведена реорганизация. Основное изменение - создание Главного управления по региональной политике и местному самоуправлению на базе упраздненных Территориального управления, Управления по вопросам местного самоуправления и Управления по координации деятельности уполномоченных представителей в регионах; два управления упразднены, несколько структурных подразделений реорганизованы.
Сокращена одна должность заместителя руководителя Администрации и четыре должности советника президента.
В итоге штат президентской администрации сокращен на 305 единиц (числилась 1721 штатная единица, в результате 20-процентного сокращения осталось 1416 штатных единиц).
Весной 1999 года Бордюжу сменил Александр Волошин.
Указом ь1013 "О формировании администрации президента Российской Федерации" 3 июня 2000 года кремлевская структура вновь подверглась реформированию. В нее вошли 22 самостоятельных подразделения. У руководителя администрации стало 10 заместителей, в том числе два первых.
В составе администрации: полномочные представители президента в Совете Федерации, в Госдуме и в Конституционном Суде;
пресс-секретарь президента; руководитель протокола президента;
заведующий канцелярией президента; помощники президента; советники президента; старший референт президента.
Ликвидирована Судебная палата по информационным спорам при президенте.
30 октября 2003 года руководителем администрации президента назначен Дмитрий Медведев.
Руководитель Администрации имел одного первого заместителя и семерых заместителей. В составе администрации - 17 управлений, четыре из которых имели статус "главных", канцелярия, референтура и аппарат Совета безопасности.
