Крайишник обвиняется в геноциде, преступлениях против человечности и нарушении законов и обычаев войны. В изданном против Крайишника международным трибуналом обвинительном заключении утверждается, что с 1 июля 1991 года по 30 декабря 1992 года вместе с Биляной Плавшич, Слободаном Милошевичем, Радованом Караджичем, Ратко Младичем и другими лицами он принимал участие в преступном предприятии, в рамках которого планировалось, готовилось и проводилось частичное уничтожение боснийско-мусульманской и боснийско-хорватской этнической и религиозной группы на территории Боснии и Герцеговины.
Согласно обвинительному заключению, при этом проводились такие преступные действия, как широкомасштабные убийства мусульман и хорватов, причинение представителям этих этнических групп серьезного физического и морального ущерба, незаконное содержание представителей несербского населения в заключении в условиях, направленных на их физическое уничтожение, включающих жестокое обращение, пытки, физическое, психологическое и сексуальное насилие, принудительный труд, остутствие в достаточном количестве питания, воды, медицинской помощи и гигиенических условий.
Крайишник занимал в то время высокие посты в боснийско-сербском руководстве, благодаря чему, он фактически имел власть над вооруженными формированиями боснийских сербов и политическими и правительственными органами, совершавшими вышеназванные преступления.
Суд над Крайишником должен был начаться 12 мая прошлого года, но был отложен из-за отставки его адвоката американца Деяна Брашича, членство которого в американской ассоциации адвокатов было тогда временно прекращено.
