С протестом в Верховный суд обратилась Генпрокуратура, считая назначенное Мосгорсудом Бабкину наказание чрезмерно мягким. Сам осужденный не согласен с приговором и настаивает на своей невиновности.
В марте 2003 года Анатолий Бабкин обжаловал в Верховном суде РФ приговор Мосгорсуда, который признал его виновным в госизмене и назначил условное наказание в виде 8 лет лишения свободы. В кассационной жалобе ставится вопрос об отмене приговора и прекращении уголовного дела.
19 февраля 2003 года Мосгорсуд счел доказанной вину 72-летнего профессора Бабкина, работавшего в МГТУ имени Баумана, в передаче секретных сведений отставному офицеру морской разведки США Эдмонду Поупу в 1996-2000 годах.
Данные сведения содержались в научных отчетах и касались, в частности, технологии изготовления топлива для противолодочного ракетного комплекса "Шквал", который находится на вооружении российского ВМФ.
Вынося приговор Анатолию Бабкину, занимавшему ранее должность завкафедрой ракетных двигателей МГТУ им.Баумана, суд назначил ему наказание "ниже низшего предела", предусмотренного статьей 275 УК РФ, по которой он был признан виновным.
Минимальный срок, предусмотренный этой статьей, составляет 12 лет лишения свободы.
По приговору суда, профессор Бабкин был лишен права занимать должность завкафедрой "ракетные двигатели" в МГТУ им.Баумана, а также заниматься профессиональной научной и преподавательской деятельностью в течение трех лет после истечения наказания. Кроме того, суд лишил подсудимого звания "Заслуженный деятель науки".