Свои отношения с регионами столичная магистраль строит исключительно на основе паритетных взаимовыгодных условий, что позволяет успешно разрешать самые серьезные проблемы. Администрации соседних с Москвой регионов соблюдают условия соглашений и полностью выполняют свои обязательства по возмещению убытков от пригородных перевозок. Правительство Московской области, например, в нынешнем году даже досрочно возместило МЖД расходы, связанные с проездом ветеранов на пригородных поездах.
Получает поддержку регионов инициатива московских железнодорожников о совместном строительстве и реконструкции железнодорожных объектов. Результатом совместных действий стали вокзалы на станциях Калуга-2, Дубна, Кашира и других. Близится к завершению проект скоростного пригородного сообщения на участке Москва - Мытищи, аналогов которому нет в стране.
За последние 4 года при поддержке региональных администраций реализован такой масштабный проект, как внедрение автоматизированной системы оплаты, контроля и учета проезда пассажиров в пригородных электричках.
