Структура Госжелдорнадзора МПС России будет включать в себя департамент безопасности движения и экологии МПС России и отделения Госжелдорнадзора МПС России, находящиеся в семи федеральных округах РФ.
Департамент безопасности и его территориальные органы будут осуществлять контроль за соблюдением требований безопасности движения, экологической и промышленной безопасности всеми участниками перевозочного процесса, в частности, за четким исполнением федеральных законов, связанных с безопасностью движения и организацией системы ликвидации чрезвычайных ситуаций и последствий экологических катастроф и др.
Возглавит обновленную структуру Госжелдорнадзора МПС России главный ревизор по безопасности движения - заместитель министра путей сообщения РФ.