В составе администрации ОЭЗ - подразделения, курирующие экономическую, социальную, международную сферы - всего более 30 управлений, комитетов, представительств и инспекций. Сама администрация ОЭЗ входит в структуру региональной администрации и отвечает за функционирование на территории области режима Особой экономической зоны, обеспечивает ее правовое и хозяйственное развитие.
Исходя из своих функциональных обязанностей, администрация ОЭЗ осуществляет мониторинг и прогнозирование функционирования ОЭЗ, координирует привлечение российских и иностранных инвестиций, реализует мероприятия в рамках Федеральной целевой программы развития Калининградской области до 2010 года.
В пресс-службе подчеркнули: "Одно из ответственнейших направлений деятельности администрации ОЭЗ - разработка изменений и дополнений в федеральное законодательство в целях повышения эффективности осуществляемой на территории региона инвестиционно-хозяйственной деятельности".
Формирование администрации ОЭЗ произведено губернатором региона Владимиром Егоровым на основании ныне действующего закона "Об Особой экономической зоне в Калининградской области".