Он был арестован 13 марта 2003 года в ходе операции "Сабля", проводившейся сербской полицией после убийства премьер-министра Сербии Зорана Джинджича.
Министр внутренних дел Сербии Душан Михайлович на одной из пресс-конференций заявлял, что ни Станишич, ни арестованный вместе со Станишичем командир подразделения по проведению специальных операций Френки Симатович, не имеют к убийству Джинджича никакого отношения.
В начале мая Гаагский трибунал предъявил Станишичу обвинение в совершении военных преступлений в Хорватии и Боснии и Герцеговине во время войны 1991-1995 гг. Постановление о выдаче Станишича Гаагскому трибуналу было подписано на минувшей неделе в министерстве по правам человека и национальных меньшинств, хотя Сербские власти не торопились с решением о его выдаче.
Бывший руководитель службы безопасности оставался в заключении, даже после того, как был прооперирован и нуждался в домашнем лечении. Поскольку местная прокуратура отклонила требование Станишича о переводе его на домашнее лечение и из-за плохих условий содержания в центральной тюрьме, бывший глава сужбы безопасности настоял на скорой отправке в Гаагу.
Накануне в Гаагу прибыл бывший президент Союзной Республики Югославия Зоран Лилич, который выступит свидетелем на процессе против Слободана Милошевича. По имеющейся информации, Лилич сможет давать показания, поскольку госорганы освободили его от обязанности хранить государственную и военную тайну.