Музей создан решением армянского правительства в 1988 году после того, как в Ереване прошла первая выставка работ Сергея Параджанова, рассказал директор музея Завен Саркисян. Тогда же было приобретено 40 работ и выделено 2 строящихся здания в ереванском этнографическом квартале "Дзорагюх" - под дом и одновременно музей режиссера. Разрушительное землетрясение 1988 года задержало строительство, и музей был открыт в 1991 году, уже после кончины мастера.
Основу собрания музея составляют более 600 работ Параджанова, а также обстановка его тбилисского дома и личные вещи. Произведения Параджанова - ассамбляжи, коллажи, рисунки, куклы, керамика, эскизы к кинофильмам - своеобразная реакция автора на жизнь и события, его пластическое восприятие мира. Многие из них созданы в заключении. Параджанов, будучи осужденным, 1973-1977 и 1982-1983 годы провел в тюрьмах и лагерях строго режима.
В фондах музея - обширная переписка режиссера, письма Лили Брик, Арсения Тарковского, Юрия Никулина и других деятелей культуры.
Параджанов - автор нескольких фильмов-шедевров, принесших ему всемирную славу. Это "Тени забытых предков" /1964/, "Цвет граната" или "Саят-Нова" /1969/, "Легенда о Сурамской крепости"' /1985/ и "Ашик-Кериб" /1988/.
Вклад Параджанова в искусство кино - это, прежде всего, оригинальный поэтический киноязык, высоко оцененный современниками. В систему его эстетики входило также пластическое искусство, основанное на традициях армянского, восточного и европейского искусства.
Музей Параджанова стал непременным местом пребывания гостей Армении. В мае 2001 года там обедали главы государств-участников Договора о коллективной безопасности.