В соответствии с положением о Морской коллегии, она является постоянно действующим координационным органом, обеспечивающим согласованные действия федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Федерации и организаций в области морской деятельности России в интересах реализации национальной морской политики страны.
Целью деятельности Морской коллегии является создание условий для решения органами исполнительной власти задач по защите и реализации суверенных и международных прав России во внутренних морских водах, территориальном море, исключительной экономической зоне, на континентальном шельфе, в открытом море, в Арктике и Антарктике. Задачей коллегии также является проведение работы, направленной на поддержание военно-политической стабильности,юповышение эффективности морской деятельности, а также обеспечение военной безопасности и нейтрализации угроз с морских направлений, укрепление международного авторитета России.
Морская коллегия также организует разработку проектов и анализ морской деятельности с учетом геополитических, военно-технических и экономических факторов укрепления и наращивания морского потенциала России, рационального использования сил и средств в процессе освоения Мирового океана.
Первое заседание Морской коллегии состоялось в декабре 2001 года в Санкт-Петербурге. На заседании были определены задачи коллегии по координации усилий всех служб и ведомств, связанных с морем. Второе заседание, которое также прошло в Санкт-Петербурге, было посвящено вопросам единой государственной стратегии в области рыбохозяйственной деятельности.
