Однако, по оценкам экологов, основным источником загрязнения Яузы является не только сброс промышленных предприятий, сколько поверхностный сток с территории города. Для решения проблемы соответствующими документами предусмотрено в период до 2010 года построить 26 новых очистных сооружений в бассейне Яуза и реконструировать 4 существующих. Однако, отмечалось на заседании правительства, реализация этих мероприятий затягивается.
Река Яуза в черте города имеет протяженность 27,6 км. Водосборная площадь реки с учетом 21 притока в черте города составляет 314 кв километров, или почти треть от всей территории Москвы. Результаты контроля свидетельствуют, что на входе реки в город качество воды в Яузе по большинству показателей соответствует установленным нормативам "культурно-бытового водопользования". Однако в месте впадения Яузы в Москва-реку регистрируется превышение предельно-допустимых концентраций по нефтепродуктам в 1,6 раза, по железу и марганцу - в 3-5 раз. Городские локальные очистные сооружения в большинстве своем технически устарели и не обеспечивают требуемую степень очистки сбрасываемых вод, отмечалось на заседании.