Префектуры и районные управы в Москве прошли государственную регистрацию, обеспечены материально-техническими средствами, финансированием. Численность служащих в управах городах превышает 4 тыс человек.
После перерегистрации исполнительными органами местного самоуправления стали муниципалитеты, а представительными органами - муниципальные собрания. Однако, в ходе реорганизации местных структур выявлен ряд правовых, материально-технических и организационных проблем. Не все нормативные правовые акты города приведены в соответствие с уставом и законом Москвы "Об организации местного самоуправления" в части распределения функций и полномочий между префектурами и управами. Корректировке также подлежат правовые акты, определяющие порядок действия префектур по организации работы комиссий по делам несовершеннолетних, по вопросам опеки и попечительства, по вопросам сохранения памятников истории и культуры местного значения, по принятию планов и программ развития территорий районов, во вопросам использования земель, благоустройства, санитарного состояния, пожарной безопасности.
Проблемы существуют и у районных управ. В частности, не урегулированы некоторые вопросы по порядку реализации отдельных полномочий управ районов. Имеются также трудности с финансовым обеспечением муниципалитетов, служащие которых (их около 1200 человек) должны быть обеспечены социальными гарантиями не ниже уровня других госслужащих в Москве.
Столичное правительство планирует создать координационную группу по обеспечению правового регулирования деятельности префектур, управ и муниципалитетов и приведения в соответствие с законодательством правовых актов местного самоуправления.