В свою очередь, индонезийские военные обвинили в нападении сепаратистов из "Движения за свободное Папуа". Однако, как заявил газете представитель местной полиции генерал Тариган, экспертиза показала, что все виды огнестрельного оружия, использовавшиеся при нападении, находятся на вооружении размещенных в этом районе частей Стратегического резерва командования индонезийской сухопутной армии.
Генерал сообщил, что для продолжения расследования полиции необходимо провести допрос военнослужащих, но у нее нет полномочий для это. В то же время сформированная военными собственная следственная группа держит результаты своего расследования в секрете.
Руководство полиции и вооруженных сил Индонезии от комментариев отказалось.
Вскоре после инцидента правительство США предложило индонезийской стороне провести совместное расследование преступления. Джакарта согласилась на формирование объединенной следственной группы после получения результатов работы полицейских и армейских следователей и при условии, что группу возглавит представитель индонезийской полиции.