По словам адвоката Бабкина Андрея Андрусенко, начало процесса отложено в связи с тем, что Бабкин не успел закончить курс лечения в одном из столичных госпиталей.
70-летнему Бабкину инкриминируется передача секретных сведений о высокоскоростной подводной торпеде "Шквал", находящейся на вооружении российского ВМФ, гражданину США, отставному офицеру морской разведки Эдмонду Поупу.
В декабре 2000 года Мосгорсуд признал Поупа виновным в шпионаже и приговорил его к 20 годам лишения свободы. Позднее в связи с тяжелым состоянием здоровья американец был помилован.
Анатолий Бабкин и Эдмонд Поуп были задержаны российскими контрразведчиками 3 апреля 2000 года. Вместе с ними был задержан и заместитель директора Лаборатории прикладных исследований Пенсильванского университета гражданин США Даниэль Говард Кайли. По данным российских спецслужб, он в качестве эксперта помогал Поупу в изучении полученных от российского агента секретных документов. 68-летний Кайли после проведения в отношении него процессуальных действий был отпущен и на следующий день вылетел в США.
Сначала Бабкин и Поуп проходили по одному уголовному делу, однако затем в отношении россиянина дело было выделено в отдельное производство.
В ходе следствия на его имущество был наложен арест, во время обыска у профессора на квартире были обнаружены более 20 тыс долларов. Впоследствии Бабкин был отпущен под подписку о невыезде.
