Как указывается в приговоре суда, "органы предварительного следствия не представили объективных доказательств" вины подсудимых. В ходе судебного процесса таких доказательств также добыто не было.
После оглашения приговора суд освободил подсудимых из-под стражи в зале суда.
Суд пришел к выводу о необоснованности выводов следствия о том, что убийство 27-летнего корреспондента Дмитрия Холодова было организовано бывший начальником отдела разведки ВДВ полковником Павлом Поповских, который поручил своим подчиненным расправиться с ним. Суд счел несостоятельными утверждения следствия о том, что убийство Холодова Поповских организовал из "карьеристских побуждений", опасаясь осложнений отношений с руководством, так как тогдашний министр обороны Павел Грачев неоднократно выражал крайнее неудовлетворение негативными публикациями в СМИ в адрес армии, в частности, материалами Холодова, требуя прекратить их.
Придя к выводу о необоснованности мотива преступления, суд, в частности, сослался на показания Павла Грачева, который в ходе следствия и на суде заявил, что "не давал никому из своих подчиненных" указаний об убийстве Холодова или кого-либо из журналистов. Его высказывания в адрес корреспондента МК о том, что он является его "личным внутренним врагом", было сделано в ироничной форме. Исследовав показания свидетелей, материалы дела, результаты экспертиз и другие доказательства, суд пришел к выводу, что Поповских не поручал своим подчиненным осуществлять наружное наблюдение за журналистом, не пытался взять его работу под свой контроль под предлогом проверки достоверности имеющихся у него сведений.
Как отметил суд, органами следствия не было добыто доказательств о том, что Поповских, а также его подчиненные - командир спецотряда 45-го полка ВДВ Владимир Морозов, а также два заместителя последнего - Александр Сорока и Константин Мирзаянц организованной группой похитили боеприпасы, из которых впоследствии было изготовлено взрывное устройство - мина-ловушка.
В приговоре также отмечается, что алиби подсудимых не было опровергнуто собранными следственными доказательствами /в частности, Поповских показал, что он вместе с Мирзаянцем в день убийства журналиста находился в подмосковном Королеве/.
Как подчеркивается в приговоре, в судебном заседании было допрошено около 300 свидетелей, в том числе сотрудники МВД и ФСБ и никто из них не указал о причастности подсудимых к совершению ими преступления, кроме свидетеля Александра Маркелова.
