По словам сотрудников Генпокуратуры, Кудайбергенов обвиняется в превышении служебных полномочий по статье 304 Уголовного кодекса Киргизии. Он подписал санкцию на арест председателя комитета по законности и судебной реформе Законодательного собрания Жогорку Кенеша /двухпалатный парламент/ Азимбека Бекназарова, который был взят под стражу 5 января.
Эта мера вызвала волну протеста по всей стране. 17 марта в Аксыйском районе Джалал-Абадской области в результате разгона демонстрации в поддержку Бекназарова пять человек были убиты, еще несколько десятков получили ранения.
С 12 по 21 мая несколько тысяч пикетчиков, требующих оправдания депутата, блокировали стратегическую автомагистраль соединяющую Бишкек с южными регионами республики.
Коллегия Генеральной прокуратуры приняла 21 мая решение об увольнении Кудайбергенова из органов прокуратуры. 22 мая президентом Аскаром Акаевым в целях нормализации общественно-политической обстановки в республике, была принята отставка премьер-министра Киргизии Курманбека Бакиева, который признал себя виновным в трагических событиях 17 марта.
С прошением об отставке к президенту республики обратились также руководитель президентской администрации Аманбек Карыпкулов, министр внутренних дел страны Темирбек Акматалиев и Генеральный прокурор Чубак Абышкаев. Отставка первых трех лиц была одобрена Советом безопасности.
Что касается Генпрокурора, то решение его вопроса отложено до окончания следствия по уголовным делам возбужденным Генеральной прокуратурой по поводу Аксыйских событий.
