Арестованный под фальшивым обвинением в несуществовавшем заговоре против генерала-президента, захватившего власть в ходе военного переворота в 1954 г., капитан содержался в подземной камере полицейского участка в пригороде столицы республики. Его пытали в течение 10 лет и держали в полной изоляции 15 лет.
Приказ о его аресте был написан самим диктатором в виде судебного решения, приговорившего Ортигосу к пожизненному заключению. И лишь в 1988 г. группа защитников прав человека помогла ему бежать, а затем укрыться заграницей. Год спустя, после свержения Стресснера, бывший арестант смог вернуться на родину полуслепым, страдающий астмой, грыжей, проститом и другими болезнями.
В 1997 г. парламент присвоил военному звание полковника и вернул ему военную зарплату, однако Наполеон Ортигоса отказался от повышения в чине, считая его незаслуженным.
Верховный суд объявил бывшего политзаключенного невиновным, аннулировал судебный процесс против него и предоставил право требовать компенсацию. Юстиция присудила ему индемнизацию в размере 890 тыс долларов, первая часть которой была выплачена.