Как передает корреспондент РИА "Новости", Ругова выступал в суде как один из главных свидетелей обвинения на процессе по делу бывшего президента Югославии Слободана Милошевича. Отвечая на вопрос Милошевича, он не cмог вспомнить, как в начале 1999 года просил у югославского президента защитить его жизнь и жизнь членов его семьи от экстремистов из Армии освобождения Косово (АОК), отправив его за границу.
По словам Руговы, его жизни никогда не угрожали албанцы, среди них не было криминальных элементов.
В то же время, он затруднился ответить на вопрос Милошевича, кто убил около 2 тыс албанцев после ухода из Косово сербов в конце 1999 года, когда территорию провинции контролировала лишь АОК. По его словам, косовская полиция сейчас задержала ряд подозреваемых в убийствах, и если их вина будет доказана, они понесут наказание.
Задавая вопросы Ругове, Милошевич пытался доказать, что руководство этнических албанцев Косово с начала 90-х годов ставило целью изменить территориальные границы Югославии путем выхода из федерации. Так, приводя суду различные документы, он показывал, что албанское население покидало провинцию не под давлением сербской армии и полиции, а по приказу своих руководителей, которые стремились вызвать этим шагом ввод иностранных войск в край для защиты албанцев.
Ругова на вопросы Милошевича неоднократно заявлял, что не помнит фактов или документов, на которые ссылался бывший президент Югославии. Так, он не признал подлинность предъявленной Милошевичем листовки, от имени Руговы распространявшейся в Косово в 1999 году и призывавшей албанцев эмигрировать в Албанию и Македонию.
Отвечая на вопросы подсудимого, Ругова ни разу не посмотрел в его сторону и не назвал фамилии Милошевича, предпочитая называть бывшего президента СРЮ "подсудимым".