Щеголев был близок к революционным кругам, в 1899 году его арестовали за организацию крупного студенческого выступления. Заключение ему заменили ссылкой в Вологду - вплоть до 1903 года. В 1909 году Щеголева как издателя журнала "Былое" вновь привлекают к суду и приговаривают к трем годам заключения. В Петропавловской крепости Щеголев написал известную монографию об "утаенной любви" Пушкина. После этой работы от автора ждали обстоятельной биографии поэта. Пушкинисты были уверены, что "никто не мог написать ее лучше Павла Елисеевича". Но вместо этого Щеголев написал книгу о дуэли и смерти великого поэта.
Талант биографа и историческая эрудиция Щеголева сделали исследование "Дуэль и смерть Пушкина" одним из лучших биографических трудов. Без ссылок на это произведение не обходится ни одна работа о последних годах жизни поэта. На нее опираются, с ней полемизируют. За 15 лет поисков Щеголеву удалось собрать множество ценных документов и свидетельств. "Думается, что после проведенных мною розысков в будущем вряд ли можно будет разыскать много документального материала в дополнение",- писал автор в предисловии к первому изданию.
Стоит отметить, что Щеголев известен также как автор сценариев к фильмам. Вместе с Алексеем Толстым он сочинил известную мистификацию - "Дневник Вырубовой". Это произведение до сих пор принимается читателями за подлинный дневник фрейлины последней императрицы России.
Научные интересы Щеголева простирались от Древней Руси до начала ХХ века. Но всю жизнь его более всего привлекали две темы: декабристы и Пушкин. В своей работе Щеголев широко привлекал черновые записи поэта. В них он искал ответы на спорные моменты биографии и творчества Пушкина.
