В связи с непрекращающейся угрозой террористических актов в конце 2001 года в службе создан отдел координации работ по защите объектов железнодорожного транспорта. Основные его задачи - проведение единой ведомственной политики противодействия терроризму, защита объектов МЖД, персонала и пассажиров от терроризма, выявление и пресечение террористических актов.
Уже в этом году на МЖД планируется повысить антитеррористическую безопасность 25 мостов через 14 рек.
В 2002 году в планы по повышению уровня технической защищенности включены Гагаринский железнодорожный тоннель в Москве, тяговая подстанция, склад топлива, а также 4 столичных вокзала - Казанский, Курский, Павелецкий и Ярославский. В последующие годы настанет черед других столичных вокзалов, а также вокзалов в областных центрах. Ориентировочно на эти работы будет выделено 200 млн руб. Только в текущем году на эти цели выделяется 74 млн руб.