На начальном этапе, по словам министра, эти связи ограничатся взаимными визитами представителей вооруженных сил обеих стран. Пока не предусматривается возобновление совместных военных учений, какие проводились в 90-х годах. Однако, отметил глава индонезийского МИД, Джакарта настроена на постепенное восстановление полномасштабного сотрудничества с Австралией в военной области.
Отношения между Австралией и Индонезией обострились в 1999 г., когда в Восточный Тимор, народ которого проголосовал на референдуме за выход из состава Индонезии, был введен международный контингент войск, возглавляемый Австралией - активной сторонницей независимости. Разногласия привели к разрыву договора в военной области. В последние несколько месяцев между странами возникли новые трения, связанные с проблемой нелегальных иммигрантов из Афганистана и стран Среднего Востока, пытающихся попасть в Австралию на судах через Индонезию. Австралия потребовала от Индонезии ужесточить контроль за преступными синдикатами, занимающимися их переброской в Австралию, предпринять другие меры для прекращения потока нелегалов.
