В настоящее время в Афганистане находятся 9 иностранных сотрудников "Врачей без границ" /8 покинули территорию после событий 11 сентября/ и 75 местных специалистов.
Организация работает в Афганистане с 1979 года. В провинции Бадахшан она поддерживает работу файзабадской больницы на 100 мест, которая является единственной в провинции и обслуживает население в 1 млн человек. Организация оказывает поддержку хирургической, стационарной, акушерской палат, изоляционной палаты и палаты экстренной помощи, лаборатории и станции переливания крови. Для больницы предоставляются необходимые лекарства и медоборудование, проводятся водные и санитарные работы, предлагается обучение по уходу за больными и гигиене.
Районные медработники и две мобильные клиники "Врачей без границ" обслуживают жителей изолированных деревень - проводят медицинские консультации.
В Ходжа-Будхейне /провинция Тахар/ проводится программа для временно перемещенных лиц, нашедших убежище в лагерях беженцев и в приютивших их семьях. Команда "Врачей без границ" организовала амбулаторную клинику и программу по питанию для детей до 5-ти лет. С целью улучшения санитарно-гигиенических условий в лагерях построен душ, туалеты, выкопаны колодцы. Кроме того, районные медработники проводят просветительскую профилактическую работу в данном регионе.