Игорь Сутягин был задержан калужскими контрразведчиками 27 октября 1999 года перед вылетом в очередную зарубежную командировку, а уже 5 ноября ему было официально предъявлено обвинение в государственной измене. Мерой пресечения было избрано содержание под стражей.
Как установило следствие, Игорь Сутягин во время своей командировки в Великобританию в феврале 1998 года вступил в отношения с коммерческой организацией "Альтернатив Фьючерс", которая, по данным ФСБ, является "крышей" одной из иностранных спецслужб и никакого отношения к научной деятельности не имеет.
Большинство выступавших в суде официальных экспертов подтвердили свои предварительные заключения о наличии содержащих гостайну сведений в переданных Игорем Сутягиным иностранным организациям материалах, а также об "огромном ущербе", который был нанесен в этой связи национальной безопасности России.