В 1897 году она окончила Петербургское театральное училище. Затем в течении 19 лет Ваганова выступала на сцене Мариинского театра. Балерина получила известность как виртуозная классическая танцовщица. Среди лучших ее партий - Одетта-Одиллия в "Лебедином озере" и Царь-девица в "Коньке-Горбунке".
Оставив в 1917 году сцену, Ваганова стала преподавать. Ей было уже под сорок. После революции в Петербурге возникло немало творческих студий и школ. Реклама театра-студии, где начала преподавать Ваганова, гласила: "Театр отапливается", что полностью отражало тогдашнее положение дел в городе.
Наконец, в 1921 году ее пригласили в Государственное балетное училище, где она проработала 30 лет. Русский балет славился своими яркими талантами, выдающимися спектаклями, но не было только одного - единой школы и методов преподавания. Ваганова стала создателем методики классического танца. В 1956 году она стала первым профессором хореографии.
В 1931-37 годах она - художественный руководитель балета Ленинградского театра оперы и балета им.С.М.Кирова. Балетмейстерская деятельность Вагановой отмечена поисками новых выразительных средств классического танца.
Свою методику преподавания Ваганова изложила в книге "Основы классического танца". Она придавала большое значение художественной выразительности танца, свободному владению техникой. Педагогическая система Вагановой получила распространение в России и за рубежом. Среди ее учениц была легендарная Галина Уланова.