В 1874 году Шокальский был принят в Морское училище, после его окончания поступил на Гидрографический отдел Морской академии. Осенью 1880 года начинается служебная карьера Шокальского. В Главной физической обсерватории ему было поручено заведовать секцией морской метеорологии. В это время он начинает писать свои первые научные работы.
За свою жизнь ученый написал и опубликовал несколько сотен трудов и большое число рецензий, отзывов и рефератов. Шокальский был превосходным популяризатором науки. Основные его интересы лежали в области океанографии и картографии, где он создал себе мировое имя. В работе "Океанография" Шокальский вводит понятие о едином Мировом океане и убедительно показывает это единство.
С 1924 по 1927 годы каждое лето в Черное море выходила экспедиция Шокальского. Она собрала огромный материал и пополнила знания о Черном море.
Ученый стремился передать свои знания молодым ученым, он преподавал в Морском училище, Педагогическом институте, в Морской академии, Ленинградском университете и других учебных заведениях.
Шокальским было составлено и отредактировано много карт разного назначения. Под его редакцией в 1905 году вышел Большой географический атлас. Шокальский уделял большое внимание метеорологии и климатологии, полярным исследованиям. Он был одним из сторонников освоения Северного морского пути. Высокий авторитет Шокальского сказался в значительном количестве географический объектов, названных его именем. Среди них - проливы, острова, ледники и теплое течение в Баренцевом море.
