Дело "Аэрофлота"
18 января 1999 года Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело о злоупотреблениях в бывшем руководстве компании "Аэрофлот".
Как выяснило следствие, Борис Березовский фактически создал в руководстве "Аэрофлота" свое "лобби", внедрив туда людей из подконтрольных ему структур. Среди них были первый заместитель гендиректора "Аэрофлота" Николай Глушков, заместитель гендиректора по коммерческим вопросам Александр Красненкер и другие. С их подачи было принято решение о переводе 80% валютной выручки загранпредставительств "Аэрофлот" на счета швейцарской фирмы "Андава", большинство акций которой принадлежало Березовскому и Глушкову. По данным прокуратуры, через эту компанию прошло более 252,4 миллиона долларов, часть из которых, была похищена.
Кроме того, следствие посчитало, что "Аэрофлот" необоснованно брал кредиты у еще одной подконтрольной Березовскому швейцарской компании – "Форус", выплачивая по ним проценты и штрафы. Этим, по мнению следователей, государственной компании был нанесен ущерб в размере 214 миллионов рублей.
По данным следствия, с 1996 года по 1999 год через швейцарские фирмы "Андава" и "Форус" прошло более 900 миллионов долларов компании.
В январе 1999 года Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело о злоупотреблениях в бывшем руководстве компании "Аэрофлот". 6 апреля 1999 года обвинения в "незаконном предпринимательстве и отмывании незаконно нажитых средств" были предъявлены Борису Березовскому и двум заместителям гендиректора "Аэрофлота" Николаю Глушкову и Александру Красненкеру. С Березовского была взята подписка о невыезде.
Однако уже 5 ноября Генеральная прокуратура сняла с Березовского обвинения; с него также была снята и подписка о невыезде. Дело Березовского было закрыто за недоказанностью вины, обвиняемого переквалифицировали в свидетели.
В сентябре 2001 года по делу швейцарской компании "Форус", выделенному из дела "Аэрофлота", Борис Березовский был обвинен в пособничестве в мошенничестве, невозвращении из-за границы валютной выручки и отмывании денег.
В марте 2004 года суд признал виновными четверых экс- руководителей "Аэрофлота" в невозвращении валютной выручки из-за рубежа и злоупотреблении служебными полномочиями.
13 апреля 2007 года Генпрокуратура выделила в отдельное производство уголовное дело в отношении Бориса Березовского в части хищения им 50 миллионов долларов акционерного общества "Аэрофлот" и их частичного последующего отмывания.
29 ноября 2007 года суд заочно приговорил скрывающегося в Великобритании Бориса Березовского к шести годам лишения свободы по делу о хищении более 214 миллионов рублей "Аэрофлота".
Березовский был признан виновным в мошенничестве (часть 3 статьи 159 УК РФ). Суд исключил из обвинения пункт о легализации похищенных у "Аэрофлота" средств на сумму более 16 миллионов рублей (часть 3 статьи 174 УК РФ).
В апреле 2011 года "Аэрофлот" обратился в Головинский суд Москвы с ходатайством об индексации суммы ущерба, установленной Савеловским судом Москвы в ноябре 2007 года, за период с 1996 по 2007 год. Ходатайство было удовлетворено в полном объеме
"Аэрофлот" обратился в Лондонский суд с требованием возместить ущерб, причиненный компании, в размере порядка 720 миллионов рублей, однако 30 октября 2012 года суд отклонил иск российского авиаперевозчика к Борису Березовскому и его партнеру по бизнесу Николаю Глушкову.
Дело "ЛогоВАЗа"
6 августа 2002 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело в отношении предпринимателей Бориса Березовского и Юлия Дубова, обвиняемых в мошенничестве при заключении договора на поставку крупной партии автомобилей.
По мнению следствия, Березовский в 1994 году организовал заключение договора между ОАО "АвтоВАЗ" и АОЗТ "ЛогоВАЗ" о поставке последней компании 20 тысяч легковых автомобилей "ВАЗ" различных моделей.
Однако, вопреки условиям договора, счета за поставленные 5,56 тысячи автомобилей не были оплачены. Следствие посчитало, что Березовский и другие участники группы распорядились полученными от реализации автомашин деньгами в размере около 144 миллиардов неденоминированных рублей по своему усмотрению.
В частности, по данным следствия, деньги были потрачены на приобретение акций АО "Общественное российское телевидение", ЗАО "Московская независимая вещательная корпорация", АОЗТ "Издательство "Огонек", а также вложены в недвижимость.
26 июня 2009 года Красногорский городской суд заочно приговорил живущего в Великобритании Бориса Березовского к 13 годам заключения за хищение 58 миллионов рублей "ЛогоВАЗа".
Суд назначил Березовскому наказание на два года меньше, чем просил прокурор.
Компаньон Березовского Юлий Дубов заочно осужден к девяти годам лишения свободы.
Суд признал Березовского и Дубова виновными по части 3 статьи 147 УК РСФСР от 1994 года — "мошенничество" и части 3 статьи 174 УК РФ от 1996 года — "незаконная легализация денежных средств, полученных преступным путем".
5 августа 2011 года Красногорский городской суд Московской области постановил взыскать с бизнесмена Бориса Березовского почти 8,5 миллионов рублей компенсации инфляционных потерь по делу о хищении предпринимателем 58 миллионов у "Логоваза".
Дела о захвате власти
16 февраля 2006 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело в отношении Бориса Березовского по признакам преступлений, направленных на насильственный захват власти в России.
Поводом для возбуждения уголовного дела стало интервью Березовского агентству Франс пресс и радиостанции Эхо Москвы, где он говорил о том, что вместе со своими сторонниками в течение последних полутора лет готовится взять власть в России силой и финансирует эти усилия из своего личного состояния.
В марте 2006 года Генпрокуратура РФ направила в Лондон требование об экстрадиции Березовского в связи с тем, что ему инкриминируется совершение действий, предусмотренных статьей "насильственный захват власти в нарушение Конституции РФ".
13 апреля 2007 года Генеральная прокуратура возбудила в отношении Бориса Березовского еще одно уголовное дело по статье 278 УК РФ ("насильственный захват власти") в связи с его заявлением о финансировании переворота в России, опубликованном в британской газете "Гардиан, а затем вновь обратилась к Великобритании с просьбой лишить проживающего в Лондоне предпринимателя Бориса Березовского статуса политического беженца и экстрадировать его в Россию.
Иск к Роману Абрамовичу
В июне 2007 в Высокий суд Лондона поступил иск бизнесмена Бориса Березовского к его бывшему деловому партнеру Роману Абрамовичу.
В иске Березовский требовал с Абрамовича компенсацию за ряд активов российских компаний, который якобы были проданы по заниженной цене. В частности, речь шла о порядка 43% акций "Сибнефти" и доле в компании "РУСАЛ".
Березовский утверждал, что он и его деловой партнер Бадри Патаркацишвили в 2000-2003 годах продали эти активы по цене, гораздо ниже рыночной, под давлением со стороны приближенного к власти Абрамовича, который угрожал, что в противном случае акции будут насильственно экспроприированы государством. Общая сумма претензий Березовского достигала 5,5 миллиарда долларов.
3 октября 2011 года в Лондоне начались слушания по существу.
31 августа 2012 года Высокий суд Лондона отказал Борису Березовскому в удовлетворении исковых требований к Роману Абрамовичу в деле о продаже активов ряда российских компаний в начале 2000-х годов.
В своем постановлении судья Элизабет Глостер отметила, что решение дела во многом зависело от свидетельских показаний, причем бремя доказательства своей правоты лежало именно на истце — Борисе Березовском.
Проигравший суд Борис Березовский согласился оплатить судебные издержки оппонента в размере 35 миллионов фунтов стерлингов.
Призывы к массовым беспорядкам в России
В мае 2012 года стало известно, что Главное следственное управление Следственного комитета РФ возбудило против бизнесмена Бориса Березовского два уголовных дела в связи с публичными призывами к массовым беспорядкам.
По данным следствия, Березовский "публично призывал граждан России к массовым беспорядкам, сопровождающимся насилием, а именно — к совершению в общественных местах в городе Москве массовых активных противоправных действий в целях насильственного воспрепятствования инаугурации законно избранного президента РФ и его допуску в Кремль 7 мая, обещая денежное вознаграждение за его задержание и ограничение свободы передвижения".
Второе дело по той же статье возбуждено против Березовского в связи с размещением им 1 февраля 2012 года на интернет-сайте одной из радиостанций текста под названием "Открытое письмо рожденным не в СССР". В этом тексте Березовский публично призывал к массовым беспорядкам, добавил представитель СК.