Создана модель, предсказывающая активность молекул для агрохимии

Сельское хозяйство. Архивное фото
Для построения компьютерной модели использовалась уникальная выборка, включающая 1800 тщательно отобранных известных агрохимикатов.

МОСКВА, 16 фев – РИА Новости. Учёные из МФТИ и МГУ впервые разработали компьютерную модель, позволяющую предсказывать агрохимическую активность простых молекул, в будущем подобные вычислительные модели позволят значительно удешевить поиск новых активных молекул и внесут свой вклад в понимание механизмов их действия. Итоги своей работы ученые опубликовали в научном журнале Phytochemistry.

Для построения модели авторы применили методы машинного обучения, в частности cамоорганизующиеся карты Кохонена. В качестве обучающей выборки использовалась уникальная выборка, включающая 1800 тщательно отобранных известных агрохимикатов. В качестве источников информации авторы использовали патенты, научные публикации и специализированные базы данных.

Молекулы, интересные с точки зрения агрохимии, принято делить на 2 категории: пестициды (которые борются с насекомыми, сорняками и грибками) и регуляторы роста растений (стимулирующие или подавляющие их рост). Для того, чтобы обнаружить новую активную молекулу из какой—либо группы, проводят дорогостоящие эксперименты — синтезируют большое количество (обычно несколько тысяч) разнообразных молекул, а затем проверяют их эффект на клетках или целых растениях. При этом в таких экспериментах значителен процент промахов — активными в лучшем случае могут оказаться лишь несколько десятков молекул. Иными словами, модель может быть использована с целью обоснованного уменьшения изначального количества молекул из числа доступных для дальнейшей экспериментальной проверки. Это позволит значительно снизить как временные, так и финансовые затраты на поиск активных молекул.

В своей работе авторы для моделирования использовали представление химического пространства, в котором каждая молекула описывается набором особых параметров — молекулярных дескрипторов. Значение такого дескриптора отражает особое свойство молекулы — растворимость, размер, площадь полярной поверхности и т.д. Каждая молекула в химическом пространстве задаётся (кодируется) набором таких параметров, как точка — своими координатами на плоскости.

С использованием алгоритма Кохонена без учителя можно уменьшить размерность этих данных с наименьшей ошибкой (этот этап назвается обучением алгоритма) и визуализировать результат в виде удобной для анализа двумерной карты, на которой можно поочередно выделить области, занимаемые молекулами из различных категорий. Тогда по этой карте можно оценить классификационную способность модели.

Если эта способность в высока (например, для подобных масштабных задач это больше 70%), то модель можно протестировать с использованием независимого тестового набора молекул, которые не принимали участие в обучении. Именно это и сделали авторы работы, наглядно продемонстрировав, что их модель способна прогнозировать специфическую активность новых молекул, относя их к одной из общепринятых категорий: гербициды, регуляторы роста растений.

"Важно отметить, что разработанная модель обладает хорошей дифференциальной прогностической способностью и является первой в области агрохимии, построенной с использованием такой представительной обучающей выборки. В ходе работы нам совместно с коллегами из Лаборатории разработки инновационных лекарственных средств удалось протестировать модель с использованием результатов реального тестирования, осуществленного нами. В дальнейшем мы планируем расширить обучающую выборку и повысить прогностическую способность модели, возможно с применением других алгоритмов машинного обучения", — приводит пресс-служба МФТИ слова Яна Иваненкова, главного автора статьи и заведующего Лабораторией медицинской химии и биоинформатики МФТИ.

Открытия
Партнеры



Наверх
Авторизация
He правильное имя пользователя или пароль
Войти через социальные сети
Регистрация
E-mail
Пароль
Подтверждение пароля
Введите код с картинки
He правильное имя пользователя или пароль
* Все поля обязательны к заполнению
Восстановление пароля
E-mail
Инструкции для восстановления пароля высланы на
Смена региона
Идет загрузка...
Произошла ошибка... Повторить
правила комментирования материалов

Регистрация пользователя в сервисе РИА Клуб на сайте Ria.Ru и авторизация на других сайтах медиагруппы МИА «Россия сегодня» при помощи аккаунта или аккаунтов пользователя в социальных сетях обозначает согласие с данными правилами.

Пользователь обязуется своими действиями не нарушать действующее законодательство Российской Федерации.

Пользователь обязуется высказываться уважительно по отношению к другим участникам дискуссии, читателям и лицам, фигурирующим в материалах.

Публикуются комментарии только на тех языках, на которых представлено основное содержание материала, под которым пользователь размещает комментарий.

На сайтах медиагруппы МИА «Россия сегодня» может осуществляться редактирование комментариев, в том числе и предварительное. Это означает, что модератор проверяет соответствие комментариев данным правилам после того, как комментарий был опубликован автором и стал доступен другим пользователям, а также до того, как комментарий стал доступен другим пользователям.

Комментарий пользователя будет удален, если он:

  • не соответствует тематике страницы;
  • пропагандирует ненависть, дискриминацию по расовому, этническому, половому, религиозному, социальному признакам, ущемляет права меньшинств;
  • нарушает права несовершеннолетних, причиняет им вред в любой форме;
  • содержит идеи экстремистского и террористического характера, призывает к насильственному изменению конституционного строя Российской Федерации;
  • содержит оскорбления, угрозы в адрес других пользователей, конкретных лиц или организаций, порочит честь и достоинство или подрывает их деловую репутацию;
  • содержит оскорбления или сообщения, выражающие неуважение в адрес МИА «Россия сегодня» или сотрудников агентства;
  • нарушает неприкосновенность частной жизни, распространяет персональные данные третьих лиц без их согласия, раскрывает тайну переписки;
  • содержит ссылки на сцены насилия, жестокого обращения с животными;
  • содержит информацию о способах суицида, подстрекает к самоубийству;
  • преследует коммерческие цели, содержит ненадлежащую рекламу, незаконную политическую рекламу или ссылки на другие сетевые ресурсы, содержащие такую информацию;
  • имеет непристойное содержание, содержит нецензурную лексику и её производные, а также намёки на употребление лексических единиц, подпадающих под это определение;
  • содержит спам, рекламирует распространение спама, сервисы массовой рассылки сообщений и ресурсы для заработка в интернете;
  • рекламирует употребление наркотических/психотропных препаратов, содержит информацию об их изготовлении и употреблении;
  • содержит ссылки на вирусы и вредоносное программное обеспечение;
  • является частью акции, при которой поступает большое количество комментариев с идентичным или схожим содержанием («флешмоб»);
  • автор злоупотребляет написанием большого количества малосодержательных сообщений, или смысл текста трудно либо невозможно уловить («флуд»);
  • автор нарушает сетевой этикет, проявляя формы агрессивного, издевательского и оскорбительного поведения («троллинг»);
  • автор проявляет неуважение к русскому языку, текст написан по-русски с использованием латиницы, целиком или преимущественно набран заглавными буквами или не разбит на предложения.

Пожалуйста, пишите грамотно — комментарии, в которых проявляется пренебрежение правилами и нормами русского языка, могут блокироваться вне зависимости от содержания.

Администрация имеет право без предупреждения заблокировать пользователю доступ к странице в случае систематического нарушения или однократного грубого нарушения участником правил комментирования.

Пользователь может инициировать восстановление своего доступа, написав письмо на адрес электронной почты moderator@rian.ru

В письме должны быть указаны:

  • Тема – восстановление доступа
  • Логин пользователя
  • Объяснения причин действий, которые были нарушением вышеперечисленных правил и повлекли за собой блокировку.

Если модераторы сочтут возможным восстановление доступа, то это будет сделано.

В случае повторного нарушения правил и повторной блокировки доступ пользователю не может быть восстановлен, блокировка в таком случае является полной.

Чтобы связаться с командой модераторов, используйте адрес электронной почты moderator@rian.ru или воспользуйтесь формой обратной связи.