Древнее государство Македония со столицей в городе Эдесса возникло еще в VIII веке до н.э., однако античная Македония ассоциируется в основном с именами царей эллинистической эпохи — Филиппом II и Александром III Македонскими (IV век до н.э.). Через несколько веков после распада державы Александра территория древней Македонии в качестве отдаленной провинции вошла сначала в состав Римской, а затем Византийской и Османской империй. По результатам балканских войн 1911-1913 годов территория Македонии оказалась поделенной между Грецией (греческая часть составляла около 52% и получила название "Эгейская Македония"), Сербией (38%, "Южная Сербия") и Болгарией (10%, "Пиринский край"). После Первой мировой войны (1914-1918) было создано Королевство сербов, хорватов и словенцев, с 1929 года — Югославия. После Второй мировой войны и образования Федеративной Народной Республики Югославия (с 1963 года — Социалистическая Федеративная Республика Югославия, СФРЮ) македонская провинция Югославии стала Народной Республикой Македонией (с 1963 года — Социалистической Республикой Македонией).
После начавшегося распада Югославии 17 сентября 1991 года парламент Македонии на основании референдума, состоявшегося 8 сентября, принял Декларацию о суверенитете и независимости страны.
Греция сразу же выступила с заявлением протеста в связи с закрепленной в конституции формулировкой нового государственного наименования — Республика Македония, которое, по мнению Афин, может в дальнейшем послужить основанием для территориальных претензий со стороны Скопье. Кроме того, Греция подчеркивала, что новое государство, именуя себя "Македонией", присваивает греческую историю, которая тесно связана исключительно с античной эпохой эллинизма. Протест со стороны Греции вызвало и использование македонской стороной в качестве ее государственной символики так называемой Вергинской звезды — символа царства Филиппа Македонского и его флага.
Не менее болезненным для греков также стал вопрос, связанный с названием гражданства. Скопье выступало за "граждан Республики Македония", Афины — за "граждан Республики Северная Македония". Относительно названия языка республики македонцев не устраивала приемлемая для греков формула его написания на английском makedonski, что представляло бы собой транскрипцию с кириллицы. Такое определение, по мнению греческой стороны, подразумевало бы тот факт, что язык соседнего государства является славянским. Македонцы же настаивали на том, чтобы в английском написании название языка выглядело как macedonian.
Спор сопровождался массовыми акциями протеста в обеих странах. В Греции люди выходили на демонстрации, выражая свое несогласие с действующим названием бывшей югославской республики. В Республике Македонии периодически собирались митинги против смены названия.
Греция блокировала вхождение Македонии в ЕС. В июле 1992 года по инициативе Греции в Лиссабонский декларации было указано, что государство Македония будет признано только в том случае, если его официальное название не будет включать термин "Македония".
Вместе с тем невзирая на протесты Греции в 1993 году Республика Македония стала 181-м членом ООН под названием "Бывшая югославская республика Македония" (БЮРМ). После чего последовала полоса международного признания: еще в 1992 году Македонию признала Россия, в 1993 году — Великобритания, Германия, Нидерланды, Дания, Италия, Франция, в 1994 году — США.В ответ греческое правительство приняло решение о закрытии порта Салоник для судов Македонии, прекращении поставок через него всех товаров для соседей: исключение было сделано только для продовольствия, медикаментов и топлива для больниц. Кроме того, на неопределенный срок была приостановлена работа греческого консульства в Скопье.
Эти действия для Македонии имели серьезные последствия, ибо у нее нет собственного выхода к морю, и почти все ее снабжение и торговля с другими странами ведутся через Салоники. По некоторым оценкам, ущерб составил около двух миллиардов долларов.
В 1995 году Афины и Скопье достигли компромисса и подписали Временное двустороннее соглашение, согласно которому Македония взяла на себя обязательства в течение 30 дней изменить флаг страны и аннулировать те статьи своей конституции, которые Греция интерпретирует как территориальные претензии на ее северную область под названием "Македония", что и было сделано. Греция, со своей стороны отменила в указанный срок эмбарго, а также признала суверенитет и территориальную целостность Македонии. Однако вопрос об официальном государственном названии Македонии остался нерешенным. С тех пор в регионе сохранялся относительно стабильный статус-кво, осложнявшийся принципиальной позицией Греции по данному вопросу.
В апреле 2008 года Греция заблокировала участие Македонии в НАТО. В ответ Скопье подал иск в Международный суд ООН в Гааге.
Македония обвинила Афины в нарушении промежуточного соглашения между двумя странами, заключенного в 1995 году. Согласно статье 11 договора, Греция обязуется не препятствовать членству соседей в международных организациях под временным названием "Бывшая югославская республика Македония" (БЮРМ). В Афинах же заявили, что соседи многократно нарушили дух соглашения, допуская националистическую риторику в отношении греческой области Македония.
В декабре 2011 года суд постановил, что Греция не выполнила условия соглашения с Республикой Македония, заблокировав вступление последней в НАТО на саммите НАТО в Бухаресте в 2008 году. Решение суда на позицию Греции не повлияло.
Неоднократные попытки посредничества представителей Брюсселя, Вашингтона и спецпредставителя генсека ООН Мэтью Нимица по спору о наименовании Македонии не дали результата. В 2014 году переговоры прекратились.
Перемены в данном вопросе наметились с приходом к власти оппозиционного Социал-демократического союза Македонии в коалиции с албанскими партиями.
Вступив в должность премьер-министр Македонии Зоран Заев, чья программа включала пункты о скором вступлении в НАТО и ЕС, заявил, что готов к вступлению страны в НАТО под названием "Бывшая югославская республика Македония (БЮРМ)", на котором настаивает Греция.
12 июня 2018 года стало известно, что премьер-министры Греции и бывшей югославской республики Македонии Алексис Ципрас и Зоран Заев достигли соглашения по конституционному названию Республики Македонии. Она будет называться Республика Северная Македония.
13 июня президент Македонии Георге Иванов в обращении к нации отказался подписать "наносящий вред" договор между Скопье и Афинами о переименовании страны. Он также призвал прекратить спекулировать стратегическими целями республики, такими как вступление в ЕС и НАТО.
17 июня министры иностранных дел Греции Никос Котзиас и бывшей югославской республики Македония Никола Димитров подписали соглашение о новом конституционном названии Македонии. Подпись под соглашением поставил также спецпредставитель генсека ООН Мэтью Нимица, выступивший посредником на переговорах.
Согласно 20-страничному документу, официальным названием БЮРМ станет "Республика Северная Македония", которое будет употребляться erga omnes (во всех случаях). Гражданство страны будет указываться как "македонское/гражданин Республики Северная Македония", а официальный язык сохранит название "македонский".
После подписания соглашение должно быть отправлено на ратификацию македонскому Собранию (парламенту). После утверждения парламентариями договора Греция должна официально запросить ЕС и НАТО начать процесс вступления Скопье в организации.
Обязательным условием является внесение соответствующих изменений в конституцию БЮРМ. Поправки должны быть приняты депутатами и утверждены до конца 2018 года, после чего договор вступит в силу. Отведено время на переделку названий госструктур, официальной атрибутики и документации Скопье. Дополнительно оговаривается, что македонские власти должны провести ревизию памятников и других объектов наследия, которые отсылают к греческой культуре и указать их принадлежность к ней.
Афины и Скопье также утверждают существующие между ними границы как международные и обязуются не поддерживать и не допускать недружественной деятельности в отношении соседнего государства.
20 июня депутаты Собрания (парламента) Македонии ратифицировали договор с Грецией о переименовании страны. Договор был направлен президенту Македонии, однако он отказался его подписать.
5 июля депутаты парламента Македонии повторно утвердили договор с Грецией о переименовании бывшей югославской республики.
Однако президент Македонии Георге Иванов в очередной раз отказался утвердить договор Скопье и Афин.
30 июля депутаты Собрания (парламента) Македонии утвердили дату консультативного референдума о переименовании бывшей югославской республики — он назначен на 30 сентября. Премьер Македонии Зоран Заев пообещал уважать итог референдума о переименовании.