Flydubai была создана в марте 2008 года правительством Дубая, став первой бюджетной авиакомпанией города. Головной офис авиакомпании находится в Дубае. Авиакомпания выполняет рейсы из модернизированного Терминала 2 в северной части Международного аэропорта Дубая. маршрутная сеть авиакомпании охватывает более 90 направлений в 45 странах Ближнего Востока, Индийского субконтинента, Африки, Восточной Европы и России.
1 июня 2009 года был совершен первый коммерческий перелет в Бейрут. К концу 2009 года Flydubai добавила семь новых маршрутов, в июле 2010 года появилось еще несколько направлений, и был перевезен миллионный пассажир.
Flydubai пришла на российский рынок в 2010 году, запустив полеты в Самару и Екатеринбург. Сеть авиакомпании в России насчитывает десять направлений. География Flydubai в России охватывает Екатеринбург, Казань, Краснодар, Минеральные Воды, Москву, Ростов-на-Дону, Самару и Уфу, а также Нижний Новгород и Новосибирск, введенные в 2015 году.
В настоящее время Flydubai выполняет более 1,4 тысячи перелетов в неделю.
В 2015 году авиакомпания перевезла 9,04 миллиона пассажиров.
Авиакомпания обладает авиапарком из 50 новых самолетов Boeing 737-800 Next-Generation, средний возраст которых составляет 3,1 года.
Flydubai планирует получить еще 16 новых самолетов, включая пять Boeing 737MAX-8, поставка которых ожидается в конце 2017 года.
В 2015 году среднесуточный налет на самолет составил 13,6 блок-часов, а техническая готовность к вылету оставалась на уровне 99,77%. Средняя длина полетного сектора составила 1664 километров.
В компании работают более 500 пилотов и тысячи бортпроводников.
Для командира воздушного судна (КВС) общий налет должен составлять не менее 5 тысяч часов, в том числе 1,5 тысячи часов в качестве командиров реактивных многодвигательных самолетов взлетной массой более 55 тонн, оснащенных электронной информационной системой полетов (ЭФИС); они также должны быть сертифицированы для управления многочленными экипажами.
Кандидаты на позицию второго пилота должны иметь общий налет не менее 2,5 тысяч часов, из которых тысячу часов — на многодвигательных самолетах взлетной массой более 10 тонн, оснащенных электронной информационной системой полетов (ЭФИС), и быть сертифицированными для управления многочленными экипажами.
22 апреля 2012 года самолет Flydubai, выполнявший рейс в Доху (Катар) едва не столкнулся в воздухе с самолетом другого бюджетного авиаперевозчика ОАЭ, Air Arabia, направлявшимся в Стамбул (Турция). Инцидент произошел в воздушном пространстве ОАЭ, недалеко от побережья Дубая.
26 января 2015 года пассажирский самолет авиакомпании Flydubai подвергся обстрелу из стрелкового оружия при посадке в аэропорту Багдада. Никто из пассажиров и членов экипажа не пострадал.
19 марта 2016 года пассажирский Boeing авиакомпании Flydubai, летевший из Дубая в Ростов-на-Дону, потерпел крушение при посадке в условиях плохой видимости. На борту находились 55 пассажиров и шесть членов экипажа, в том числе четыре ребенка. Все они погибли.
Возраст самолета Boeing 737-800, потерпевшего крушение в аэропорту Ростова-на-Дону, составлял пять лет. Лайнер был выпущен в декабре 2010 года и получил серийный номер 40241.
