Двусторонние дипломатические и консульские отношения между Советским Союзом и Японией были установлены Конвенцией об основных принципах взаимоотношений между СССР и Японией, подписанной 20 января 1925 года в Пекине. Дипотношения были прерваны 9 августа 1945 года, когда СССР объявил Японии войну. 19 октября 1956 года Москва и Токио подписали декларацию, предусматривавшую прекращение состояния войны и восстановление дипломатических отношений.
27 января 1992 года правительство Японии признало Российскую Федерацию в качестве государства-продолжателя СССР.
Российско-японские отношения развиваются поступательно, при этом отягощающим фактором двусторонних отношений является продолжающееся со стороны Токио выдвижение необоснованных территориальных претензий на южные Курильские острова (остров Итуруп, остров Кунашир и Малая Курильская гряда). Ввиду этого между двумя странами по-прежнему не заключен мирный договор.
В настоящее время российско-японские связи развиваются по широкому спектру областей. Своего рода "дорожной картой" служит Совместное заявление, принятое лидерами двух стран в ходе официального визита премьер-министра Японии Синдзо Абэ в Россию в апреле 2013 года, где зафиксированы важнейшие направления продвижения двусторонних отношений: активизация межгосударственного диалога, расширение торгово-экономического сотрудничества, уплотнение связей по линии военных и пограничных ведомств, развитие межпарламентских обменов, углубление координации двух стран на международной арене и др.
В последние годы активизировались контакты на высшем уровне. В 2016 году лидеры России и Японии провели четыре встречи, в том числе, 15-16 декабря состоялся первый за одиннадцать лет официальный визит президента Российской Федерации Владимира Путина в Японию, который стал прорывным событием для двусторонних отношений. Итоги поездки беспрецедентны по охвату сфер сотрудничества и количеству подписанных документов — 12 межправительственных и межведомственных, а также 68 коммерческих.
27-28 апреля 2017 года Синдзо Абэ посетил Россию с ответным визитом. В последующем Владимир Путин и Синдзо Абэ провели встречи 7 июля "на полях" саммита "Большой двадцатки" в Гамбурге (Германия), 7 сентября в рамках Восточного экономического форума во Владивостоке и 10 ноября "на полях" саммита АТЭС в Дананге (Вьетнам).
24-25 мая 2018 года премьер-министр Японии Синдзо Абэ посетил Россию с официальным двухдневным визитом. 24 мая он в качестве почетного гостя принимал участие в мероприятиях Петербургского международного экономического форума. Владимир Путин и Синдзо Абэ приняли участие в панельной дискуссии "Бизнес-диалог Россия — Япония". 25 мая Владимир Путин принял Синдзо Абэ в Кремле. По итогам консультаций был подписан пакет двусторонних документов.
Завершив переговоры в Кремле, Владимир Путин и Синдзо Абэ присутствовали на церемонии открытия перекрестных годов России и Японии.
10 сентября лидеры России и Японии провели встречу "на полях" Восточного экономического форума во Владивостоке. Владимир Путин и Синдзо Абэ обсудили отдельные актуальные вопросы двустороннего взаимодействия, в частности в экономической, гуманитарной и военной сферах. По итогам международных консультаций был подписан пакет двусторонних документов. Перед началом переговоров президент России и премьер-министр Японии посетили завод, где в их присутствии запустили конвейер по производству двигателей для автомобилей "Мазда".
14 ноября Владимир Путин и Синдзо Абэ провели встречу в Сингапуре "на полях" саммита АСЕАН. В ходе беседы обсуждались различные направления российско-японского сотрудничества. По итогам встречи лидеры двух стран условились, что Россия и Япония активизируют переговорный процесс по проблематике мирного договора на основе советско-японской декларации 1956 года.
В последние годы все больший вес приобретает взаимодействие в сфере безопасности. В соответствии с договоренностями лидеров, был возобновлен диалог с Японией в формате "2+2".
Очередная встреча глав внешнеполитических и оборонных ведомств прошла 31 июля 2018 года в Москве.
Осуществляются регулярные контакты по линии советов безопасности двух стран, обмены между оборонными ведомствами.
Регулярный характер носят встречи глав внешнеполитических ведомств двух стран.
В марте 2018 года глава МИД РФ Сергей Лавров посетил Токио с рабочим визитом.
31 июля Сергей Лавров и Таро Коно провели двустороннюю встречу "на полях" российско-японских консультаций в формате "два плюс два".
Активизировались межпарламентские связи высокого уровня. В апреле 2018 года Москву и Санкт-Петербург посетила делегация японских парламентариев и бизнесменов во главе с генеральным секретарем правящей Либерально-демократической партии Японии Тосихиро Никаем.
В июне 2018 года в Якутске прошло третье заседание Консультативного совета по содействию российско-японскому межпарламентскому и межрегиональному сотрудничеству Совета Федерации и японо-российского Дискуссионного клуба Палаты советников Парламента Японии.
В июле 2018 года Японию посетила делегации сенаторов во главе с председателем комитета Совета Федерации РФ по международным делам Константином Косачевым.
23-24 июля 2018 года Россию с рабочим визитом посетил председатель Палаты советников парламента Японии Тюити Датэ. Были организованы встречи с председателем Совета Федерации РФ Валентиной Матвиенко и председателем Госдумы РФ Вячеславом Володиным. Впервые в истории двусторонних отношений спикер верхней палаты японского парламента выступил с речью на пленарном заседании Совета Федерации.
В русле достигнутой лидерами договоренности на уровне заместителей министров иностранных дел осуществляются переговоры по проблеме заключения мирного договора. Российская сторона твердо придерживается позиции, что продвижение в данном вопросе возможно лишь при условии признания японской стороной в полном объеме итогов Второй мировой войны, включая статью 107 Устава ООН.
В ходе визита президента России в Японию в декабре 2016 года лидеры согласовали заявления о начале переговоров по налаживанию на южных Курильских островах совместной хозяйственной деятельности, а также об упрощении процедур осуществления поездок на южные Курилы бывших японских жителей островов для посещения могил предков. Речь идет о совместном разведении морепродуктов, выращивании овощей в теплицах, развитии туризма в соответствии с особенностями островов, внедрении ветряных электростанций и о мерах по сокращению объемов мусора.
Первая группа представителей правительства и бизнеса Японии посетила Курилы с 27 июня по 1 июля 2017 года и ознакомилась с территориями и инфраструктурой, связанными с планируемыми японо-российскими проектами в области рыболовства, туризма, медицины, экологии.
В конце октября 2017 года для конкретизации пяти проектов совместной хозяйственной деятельности состоялась вторая поездка японской делегации на оспариваемые Токио острова. Более 50 специалистов правительства и бизнеса Японии осмотрели различные объекты вместе с местными жителями.
Третья японская бизнес-миссия посетила Курилы в августе 2018 года.
По данным Федеральной таможенной службы РФ, в 2017 году товарооборот России с Японией составил 18,261 миллиарда долларов, в том числе российский экспорт — 10,5 миллиарда долларов и импорт — 7,761 миллиарда долларов.
По итогам января-сентября 2018 года товарооборот России с Японией составил 15,9 миллиарда долларов, в том числе российский экспорт — 9,5 миллиарда долларов и импорт — 6,4 миллиарда долларов.
Основу российского экспорта составляют минеральные продукты, металлы и изделия из них, древесина и целлюлозно-бумажные изделия, драгоценные металлы и камни, продовольственные товары и сельскохозяйственное сырье и др.
Российской импорт, в основном, представлен машинами, оборудованием и транспортными средствами, продукцией химической промышленности, металлами и изделиями из них и др.
Японские корпорации активно вкладывают капиталы в самые разные секторы российской промышленности и сельского хозяйства. Накопленные инвестиции в российскую экономику достигли двух миллиардов долларов. Успешно реализуется порядка 100 взаимовыгодных совместных проектов.
Тесное взаимодействие налажено между Российским фондом прямых инвестиций и Японским банком международного развития. Учрежденный ими Российско-японский инвестфонд помогает компаниям двух стран в привлечении кредитных ресурсов под перспективные проекты.
Магистральным направлением двустороннего сотрудничества является энергетика. При участии японских компаний в рамках проекта "Ямал СПГ" в июле 2018 года была запущена вторая технологическая линия завода по производству сжиженного природного газа. Ведется строительство третьей очереди общей мощностью 16,5 миллиона тонн.
Прорабатываются возможности подключения японских партнеров к проектам "Сахалин-2", "Арктик СПГ-2", "Балтийский СПГ", сооружению перегрузочного комплекса СПГ в Камчатском крае. Российские и японские фирмы ведут совместную деятельность по освоению Ичёдинского нефтяного месторождения в Иркутской области.
Расширяется взаимодействие в ядерной сфере. В рамках ликвидации последствий аварии на АЭС "Фукусима-1" российские специалисты разрабатывают детекторы для поиска и идентификации поврежденного топлива.
Динамично продвигается совместная деятельность в сфере энергосбережения и возобновляемых источников энергии. Японские компании подключаются к созданию в России современной транспортной инфраструктуры.
РЖД вместе с коллегами из Японии приступила к тестовым контейнерным перевозкам по Транссибу.
Особую роль в продвижении двусторонних отношений играют культурные обмены. В мае 2018 года был дан старт Году России в Японии и Году Японии в России. Такой масштабный проект реализуется в истории российско-японских отношений впервые. Программа этих годов включает более 400 мероприятий в области культуры, искусства, науки, по линии молодежных обменов и общественных организаций.
Развивается практика поездок японских граждан на южные Курилы на безвизовой основе, начавшаяся после заключения 2 июля 1986 года Соглашения (в форме обмена нотами) о взаимных посещениях японских и русских захоронений на территории СССР и Японии.
Безвизовый обмен между жителями российских южных Курил и Японией начался в 1992 году на основании межправительственной договоренности для улучшения взаимопонимания народов двух стран, решения вопроса о заключении мирного договора между Россией и Японией. Поездки осуществляются по национальному паспорту со специальным вкладышем.
23 сентября 2017 года на Курилы прилетел первый чартер из Японии с бывшими жителями островов. Ранее для визитов на южные Курилы их бывших жителей использовался морской транспорт.
В обменах участвуют не только рядовые граждане, но и ученые-экологи, работники музеев, медики и другие.