Двусторонние дипломатические и консульские отношения между Советским Союзом и Японией были установлены Конвенцией об основных принципах взаимоотношений между СССР и Японией, подписанной 20 января 1925 года в Пекине. Дипотношения были прерваны 9 августа 1945 года, когда СССР объявил Японии войну. 19 октября 1956 года Москва и Токио подписали декларацию, предусматривавшую прекращение состояния войны и восстановление дипломатических отношений.
27 января 1992 года правительство Японии признало Российскую Федерацию в качестве государства-продолжателя СССР.
Российско-японские отношения развиваются поступательно, при этом отягощающим фактором двусторонних отношений является продолжающееся со стороны Токио выдвижение необоснованных территориальных претензий на южные Курильские острова (остров Итуруп, остров Кунашир и Малая Курильская гряда). Ввиду этого между двумя странами по-прежнему не заключен мирный договор.
Между Россией и Японией поддерживается регулярный диалог на высшем уровне. 28-30 апреля 2013 года состоялся официальный визит премьер-министра Японии Синдзо Абэ в Россию. Это был первый за 10 лет официальный визит японского премьер-министра в Россию.
По итогам переговоров на высшем уровне было принято Совместное заявление, очертившее широкий круг направлений взаимодействия в политической, торгово-инвестиционной, культурной, гуманитарной и других сферах, а также в контексте актуальных проблем международной повестки дня. В настоящее время данный документ рассматривается сторонами как "дорожная карта" российско-японских отношений. Также по итогам визита была достигнута договоренность о запуске двустороннего механизма консультаций министров обороны и иностранных дел в формате "2+2".
В 2013 году были проведены еще три встречи на высшем уровне (17 июня "на полях" саммита "Группы восьми" в Лох-Эрне (Северная Ирландия), 5 сентября "на полях" встречи глав государств и правительств "Группы двадцати" в Санкт-Петербурге, 7 октября "на полях" форума АТЭС на острове Бали).
8 февраля 2014 года в Сочи состоялась очередная встреча Владимира Путина и Синдзо Абэ, который посетил российский город для участия в церемонии открытия Олимпийских игр.
В 2014 году атмосфера двусторонних отношений России и Японии серьезно пострадала на фоне присоединения Токио к антироссийским санкциям ряда западных стран в связи с ситуацией на Украине.
В ходе телефонных разговоров лидеров двух стран 21 сентября и 7 октября 2014 года по инициативе японской стороны была достигнута договоренность об использовании возможностей международных мероприятий для проведения новых встреч, в соответствии с которой 17 октября 2014 года состоялся краткий контакт Владимира Путина и Синдзо Абэ в Милане (Италия), где проходил саммит "Азия — Европа", а 9 ноября 2014 года "на полях" форума АТЭС в Пекине (Китай) лидеры провели более обстоятельную беседу по актуальным вопросам российско-японских отношений. Главы России и Японии выразили готовность к продолжению контактов по всем направлениям, в том числе относительно работы по мирному договору.
В 2015 году лидеры двух стран встречались 28 сентября "на полях" сессии Генеральной Ассамблеи ООН и 15 ноября в Анталии (Турция) на полях саммита "Группы двадцати".
В последнее время российско-японские связи заметно активизировались. Важнейшую роль в этом процессе играют контакты руководителей России и Японии. 6 мая 2016 года состоялась рабочая поездка премьер-министра Японии Синдзо Абэ в Сочи. Встречи на высшем уровне прошли также 2 сентября 2016 года "на полях" Второго Восточного экономического форума во Владивостоке и 19 ноября 2016 года "на полях" саммита АТЭС в Лиме (Перу).
15-16 декабря 2016 года состоялся официальный визит президента Российской Федерации Владимира Путина в Японию, который стал прорывным событием для двусторонних отношений. Итоги поездки беспрецедентны по охвату сфер сотрудничества и количеству подписанных документов — 12 межправительственных и межведомственных, а также 68 коммерческих.
27-28 апреля 2017 года Синдзо Абэ посетил Россию с ответным визитом, в ходе которого были подведены первые итоги реализации достигнутых на высшем уровне в декабре договоренностей и намечены дальнейшие практические шаги по развитию российско-японских отношений.
В последующем Владимир Путин и Синдзо Абэ провели встречи 7 июля "на полях" саммита "Большой двадцатки" в Гамбурге (Германия), 7 сентября в рамках Восточного экономического форума во Владивостоке и 10 ноября "на полях" саммита АТЭС в Дананге (Вьетнам).
В последние годы все больший вес приобретает взаимодействие в сфере безопасности. В соответствии с договоренностями лидеров, был возобновлен диалог с Японией в формате "2+2", очередной раунд которого состоялся 20 марта 2017 года в Токио. В его рамках был обсужден комплекс вопросов глобальной и региональной безопасности.
Очередная встреча глав внешнеполитических и оборонных ведомств запланирована на вторую половину 2018 года.
Главы МИД двух стран в 2017 году провели встречи 17 февраля "на полях" мероприятий министерского сегмента "Группы двадцати" в Бонне (Германия), 20 марта в Токио, 7 августа в рамках министерских мероприятий по линии АСЕАН в Маниле (Филиппины), 18 сентября "на полях" 72-й сессии Генассамблеи ООН и 24 ноября в Москве.
В 2018 году переговоры министра иностранных дел Российской Федерации Сергея Лаврова с министром иностранных дел Японии Таро Коно состоялись в Токио 21 марта.
Активизировались межпарламентские связи высокого уровня.
11-12 января 2017 года в Москве состоялась первая встреча Японо-российского "Дискуссионного клуба" Палаты советников парламента Японии и Консультативного совета по содействию российско-японскому межпарламентскому и межрегиональному сотрудничеству. Для участия во втором заседании Консультативного совета 8-10 июня 2017 года Токио посетила представительная делегация депутатов Совета Федерации во главе с Константином Косачевым. 17 июля 2017 года в Москве прошла встреча Валентины Матвиенко с заместителем председателя Японо-российского "Дискуссионного клуба" в Палате советников парламента Японии Масадзи Мацуямой.
Очередное совещание выездное совещание Консультативного совета по содействию российско-японскому межпарламентскому и межрегиональному сотрудничеству Совета Федерации и японо-российского "Дискуссионного клуба" Палаты советников парламента Японии пройдет 22-24 июня 2018 года в Якутске (Республика Саха (Якутия)).
В русле достигнутой лидерами договоренности на уровне заместителей министров иностранных дел осуществляются переговоры по проблеме заключения мирного договора. Российская сторона твердо придерживается позиции, что продвижение в данном вопросе возможно лишь при условии признания японской стороной в полном объеме итогов Второй мировой войны, включая статью 107 Устава ООН.
В ходе визита президента России в Японию в декабре 2016 года лидеры согласовали заявления о начале переговоров по налаживанию на южных Курильских островах совместной хозяйственной деятельности, а также об упрощении процедур осуществления поездок на южные Курилы бывших японских жителей островов для посещения могил предков. Речь идет о совместном разведении морепродуктов, выращивании овощей в теплицах, развитии туризма в соответствии с особенностями островов, внедрении ветряных электростанций и о мерах по сокращению объемов мусора.
Первая группа представителей правительства и бизнеса Японии посетила Курилы с 27 июня по 1 июля 2017 года и ознакомилась с территориями и инфраструктурой, связанными с планируемыми японо-российскими проектами в области рыболовства, туризма, медицины, экологии.
В конце октября 2017 года для конкретизации пяти проектов совместной хозяйственной деятельности состоялась вторая поездка японской делегации на оспариваемые Токио острова. Более 50 специалистов правительства и бизнеса Японии осмотрели различные объекты вместе с местными жителями.
По данным Федеральной таможенной службы РФ, в 2017 году товарооборот России с Японией составил 18,261 миллиарда долларов, в том числе российский экспорт — 10,5 миллиарда долларов и импорт — 7,761 миллиарда долларов.
Российский экспорт представлен такими видами товаров как минеральные продукты (75,27% от всего объема экспорта России в Японию), металлы и изделия из них (9,59%), древесина и целлюлозно-бумажные изделия (4,81%), драгоценные металлы и камни (4,59%), продовольственные товары и сельскохозяйственное сырье (2,83%), машины, оборудование и транспортные средства (2,12%).
В структуре российского импорта основная доля поставок пришлась на следующие виды товаров: машины, оборудование и транспортные средства (80,90% от всего объема импорта России из Японии), продукция химической промышленности (10,94%), металлы и изделия из них (3,10%), текстиль и обувь (0,91%).
Инвестиционная активность невысока. За последние пять лет ежегодный объем прямых инвестиций из Японии в Россию сократился с 757 миллионов долларов (2012 год) до 18 миллионов долларов (2017 год).
Особую роль в продвижении двусторонних отношений играют культурные обмены. 2018 год объявлен "перекрестным" Годом России в Японии и Японии в России.
В начале июня 2017 года в Токио стартовал новый глобальный культурный проект "Русские сезоны". Япония стала первой страной, где проводится столь масштабное мероприятие. Его задача — познакомить японскую публику с выдающимися достижениями российской культуры. "Русские сезоны" в Японии пройдут в течение всего года и охватят 40 городов.
Развивается практика поездок японских граждан на южные Курилы на безвизовой основе, начавшаяся после заключения 2 июля 1986 года Соглашения (в форме обмена нотами) о взаимных посещениях японских и русских захоронений на территории СССР и Японии.
Безвизовый обмен между жителями российских южных Курил и Японией начался в 1992 году на основании межправительственной договоренности для улучшения взаимопонимания народов двух стран, решения вопроса о заключении мирного договора между Россией и Японией. Поездки осуществляются по национальному паспорту со специальным вкладышем.
23 сентября 2017 года на Курилы прилетел первый чартер из Японии с бывшими жителями островов. Ранее для визитов на южные Курилы их бывших жителей использовался морской транспорт.
В обменах участвуют не только рядовые граждане, но и ученые-экологи, работники музеев, медики и другие.