В марте 2019 года французский суд приговорил кардинала Барбарена к шести месяцам лишения свободы условно за то, что он не сообщил гражданским властям о случаях сексуального насилия в отношении несовершеннолетних со стороны священнослужителей своей архиепархии. По данным следствия, эти преступления были совершены с июля 2014 года по июнь 2015 года.
Иск по этому скандальному делу подали девять человек, которые утверждали, что стали жертвами домогательств со стороны священников-педофилов. Речь, в частности, идет о священнике Бернаре Прейна, которого долгое время покрывали видные деятели Лионской архиепархии. По информации обвинения, жертвами этого капеллана скаутов стали около 70 несовершеннолетних. Пострадавшие утверждали, что церковное руководство было в курсе преступных действий Прейна, однако ему не запретили общаться с детьми и его не предали церковному суду. Судебный процесс в отношении Прейна проводится во Франции отдельно.
После оглашения приговора суда первой инстанции адвокат Барбарена сразу же заявил, что его клиент подаст апелляцию. 30 января Апелляционный суд рассмотрел данное дело и оправдал видного французского прелата, сняв с него все обвинения.
Барбарен всегда заявлял о своей невиновности, но уже после первого решения суда сообщил, что намерен встретиться с папой Франциском и подать ему прошение об отставке. Такая встреча состоялась в Ватикане в марте прошлого года, однако никакой информации о результатах этой аудиенции не распространялось.
Позднее стало известно, что понтифик не принял отставку Барбарена, но, учитывая сложный период в жизни Лионской архиепархии, разрешил ему самому принять "наилучшее решение" относительно дальнейшего руководства данным диоцезом. Тогда кардинал решил временно оставить свою архиепархию и предложил возглавить ее генеральному викарию Иву Баумгартену.
После того как в январе Апелляционный суд вынес оправдательный вердикт в отношении Барбарена, официальный представитель Святого престола Маттео Бруни заявил, что папа Франциск сообщит о своем решении относительно отставки кардинала "в надлежащее время".
Проблема сексуального насилия в отношении несовершеннолетних в лоне римско-католической церкви стала предметом серьезной озабоченности папы Франциска. В июне 2016 года он упростил процедуру отставки епископов за игнорирование случаев педофилии. В августе 2018 года понтифик обнародовал специальное "Послание народу Божию", в котором призвал представителей духовенства к покаянию и искоренению из жизни церкви этого позорного явления, которое он назвал "зверством". В феврале 2019 года в Ватикане состоялся саммит, посвященной обеспечению защиты несовершеннолетних в Римско-католической церкви. Закрывая его, папа Франциск заверил, что отныне каждый случай сексуальных домогательств в отношении несовершеннолетних со стороны священнослужителей "будет рассматриваться с максимальной серьезностью".