Особенностью отношений России с Японией является существование в них проблемы заключения мирного договора, который включал бы решение вопроса о пограничном размежевании.
Основным препятствием на пути к достижению договоренности является выдвижение Японией необоснованных территориальных претензий на южные Курильские острова (о. Итуруп, о. Кунашир и Малая Курильская гряда).
Курильские острова — архипелаг вулканических островов на границе Охотского моря и Тихого океана, между островом Хоккайдо и полуостровом Камчатка. Состоят из двух параллельных гряд островов — Большой Курильской и Малой Курильской. Первые сведения о Курильских островах сообщил русский землепроходец Владимир Атласов. В 1745 году большая часть Курильских островов была нанесена на карту.
Параллельно с освоением Курил Россией, шло продвижение японцев на Северные Курилы. Отражая японский натиск, Россия в 1795 году построила укрепленную военную стоянку на острове Уруп. К 1804 году на Курилах фактически сложилось двоевластие: на Северных Курилах сильнее ощущалось влияние России, на Южных — Японии. Но формально все Курилы по-прежнему принадлежали России.
7 февраля (26 января по старому стилю) 1855 года был подписан первый русско-японский договор — Трактат о торговле и границах. Он провозгласил отношения мира и дружбы между двумя странами, открыл для российских судов три японских порта и установил границу в районе Южных Курил между островами Уруп и Итуруп.
В 1875 году был заключен новый Трактат, согласно которому Россия уступала Японии острова от Урупа до Шумшу. Япония в свою очередь признала остров Сахалин полностью принадлежащим России.
С заключением нового соглашения — Трактата о торговле и мореплавании между Россией и Японией (1895) Договор 1855 года утратил силу, однако было подтверждено действие соглашения 1875 года.
В свою очередь, Трактат 1895 года был разорван Японией в одностороннем порядке после нападения на Россию в 1904 году. Договор 1875 года сохранял силу вплоть до 1905 года, когда по итогам русско-японской войны, в результате которой Япония вышла победительницей, был подписан Портсмутский мирный договор, по которому Россия уступала Японии все Куpилы и южный Сахалин (южнее 50-й параллели северной широты). Более того, с 1920 года по май 1925 года под оккупацией Японии находился Северный Сахалин.
11 февраля 1945 года на Крымской (Ялтинской) конференции между руководителями Советского Союза, США и Великобритании Иосифом Сталиным, Франклином Рузвельтом и Уинстоном Черчиллем было подписано соглашение, согласно которому в обмен на участие советских войск в войне против Японии СССР передавались Курилы и Южный Сахалин, потерянные в русско-японской войне 1904-1905 годов.
2 сентября 1945 года Япония подписала Акт о безоговорочной капитуляции, приняв условия Потсдамской декларации 1945 года, по которой ее суверенитет был ограничен островами Хонсю, Кюсю, Сикоку и Хоккайдо, а также менее крупными островами японского архипелага. Острова Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи отходили Советскому Союзу. На Сан-Францисской конференции 1951 года СССР не подписал мирный договор с Японией. Одной из причин такого шага стало отсутствие в тексте договора четких указаний на то, что Южный Сахалин и Курильские острова перешли под суверенитет Советского Союза (в соответствии с решениями Крымской (Ялтинской) конференции 1945 года).
Отказ от подписания вызвал серьезные дипломатические последствия. Воспользовавшись этим фактом, Япония по рекомендации США в 1955 году предъявила СССР претензии на все Курильские острова и южную часть Сахалина, на этот раз, ссылаясь на двусторонний Трактат о торговле и границах 1855 года. В результате двухлетних переговоров позиции сторон сблизились, и Япония ограничила свои претензии островами Хабомаи, Шикотан, Кунашир и Итуруп.
19 октября 1956 года в Москве была подписана Совместная декларация СССР и Японии о прекращении состояния войны между двумя государствами и восстановлении дипломатических и консульских отношений. Декларация фиксировала отказ сторон от взаимных претензий, возникших в результате войны, а также отказ СССР от репарационных претензий к Японии. Руководство СССР сочло возможным отметить в документе, что, Советский Союз, идя навстречу пожеланиям Японии и учитывая интересы японского государства, соглашается на передачу Японии островов Хабомаи и острова Шикотан с тем, однако, что фактически передача этих островов Японии будет произведена после заключения мирного договора между сторонами.
Одновременно с декларацией был подписан протокол о развитии торговли с взаимным предоставлением режима наибольшего благоприятствования.
После заключения в 1960 году японо-американского договора о безопасности, СССР аннулировал обязательства, взятые на себя декларацией 1956 года.
Позднее с советской стороны стали делаться заявления о том, что территориальный вопрос в отношениях между СССР и Японией решен в результате Второй мировой войны и как таковой вообще не существует.
В апреле 1991 года по итогам официального визита в Японию президента СССР Михаила Горбачева было подписано Совместное советско-японское заявление, в котором Советский Союз впервые официально признал наличие территориальной проблемы в отношениях с Японией, была подчеркнута важность ускорения работы по завершению подготовки мирного договора с использованием накопленного опыта в двусторонних переговорах, начиная с Совместной советско-японской декларации 1956 года.
После распада СССР начался новый этап в российско-японских отношениях. В октябре 1993 года состоялся официальный визит в Японию президента России Бориса Ельцина. В ходе переговоров 13 октября была подписана Токийская декларация, в которой говорилось о необходимости "преодоления в двусторонних отношениях тяжелого наследия прошлого" и "скорейшего заключения мирного договора путем решения указанного вопроса", чтобы таким образом полностью нормализовать двусторонние отношения.
В последующие годы руководители России и Японии неоднократно возвращались к вопросу мирного договора и территориальной проблеме, но безрезультатно, так как позиции сторон диаметрально противоположны.
Япония претендует на острова Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи, ссылаясь на двусторонний Трактат о торговле и границах 1855 года. Позиция Москвы в том, что южные Курилы вошли в состав СССР по итогам Второй мировой войны, и российский суверенитет над ними имеет соответствующее международно-правовое оформление.
По Совместной декларации 1956 года оговаривалась передача Японии Хабомаи и Шикотана после заключения мирного договора, а судьба Кунашира и Итурупа не затрагивалась. Именно разграничение статуса двух пар островов в этом документе, как считают эксперты, и создало основные сложности для всего переговорного процесса на протяжении последующих 60 лет. Идея передачи Японии сначала двух островов, как это оговорено в декларации 1956 года, обсуждалась на встрече лидеров России и Японии Владимира Путина и Есиро Мори в 2001 году, но с приходом к власти Дзюнъитиро Коидзуми идею отложили.
В середине октября 2016 года премьер-министр Японии Синдзо Абэ заявил, что предлагает президенту Владимиру Путину взять на себя ответственность и совместно продвигать переговоры для решения вопроса мирного договора.
В ходе визита президента России в Японию в декабре 2016 года лидеры согласовали заявления о начале переговоров по налаживанию на южных Курильских островах совместной хозяйственной деятельности. Владимир Путин отметил, что такое сотрудничество будет способствовать созданию благоприятной атмосферы для продолжения переговоров по заключению мирного договора.
В феврале 2017 года при МИД Японии был создан совет по совместной экономической деятельности. Осуществление совместных проектов рассматривается по таким направлениям, как марикультура, тепличное хозяйство, туризм, ветроэнергетика и переработка мусора. Согласно договоренности, эта деятельность не должна нарушать юридические позиции обеих стран.
12 сентября 2018 года президент России Владимир Путин, выступая на пленарном заседании Восточного экономического форума, предложил Японии заключить мирный договор до конца года без всяких дополнительных условий. Он предложил прописать в тексте документа желание Москвы и Токио урегулировать споры по территориальному вопросу.