Геннадий Гагулия родился 4 января 1948 года в городе Лыхны.
В 1972 году окончил строительный факультет Белорусского политехнического института (ныне — Белорусский национальный технический университет).
В 1977-1986 годы занимал должность заместителя директора Комбината общественного питания на озере Рица.
В 1986-1991 годы являлся председателем Гудаутской районной потребительской кооперации.
В 1991 года был назначен председателем Государственного комитета по внешнеэкономическим связям Абхазской АССР.
В 1992-1995 годы был заместителем председателя Совета министров Абхазии.
В 1995-1997 являлся председателем совета министров Абхазии.
В 1995-1997 годы занимал должность премьер-министра Абхазии.
В 2002-2003 годы являлся председателем совета министров Абхазии
В 2002 году возглавил Торгово-промышленную палату Абхазии.
В 2003-2004 годы являлся руководителем Администрации президента Абхазии.
С 2005 года вновь возглавил Торгово-промышленную палату Абхазии.
24 апреля 2018 года был переназначен премьер-министром Абхазии.
8 сентября 2018 года Геннадий Гагулия погиб в ДТП в районе поста Мюссера в Абхазии.
Лауреат ордена "Ахьдз-Апша" II степени.
Геннадий Гагулия был женат. У него осталось двое детей.