Главная задача заповедника — охрана эйзении салаирской, редкого вида дождевого червя, который занесен в Красную книгу РФ и Красную книгу Кемеровской области и встречается только в Кузбассе.
В границах "Чернового Нарыка" встречаются и другие редкие виды животных и растений, включенные в Красную книгу Российской Федерации (сокол сапсан, кандык сибирский), а также включённые в Красную книгу Кемеровской области (бурый ушан, двухцветный кожан, северный кожанок).