Евгений Николаевич Зиничев родился 18 августа 1966 года в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург).
Образование высшее. В 2013 году прошел профессиональную переподготовку в Военной академии Генерального штаба Вооруженных сил Российской Федерации.
В 1984-1986 годах проходил службу в Вооруженных силах СССР.
В 1987-2015 годах служил на различных должностях в органах государственной безопасности.
В 2015-2016 годах — начальник Управления ФСБ по Калининградской области.
28 июля 2016 года Указом президента Российской Федерации назначен временно исполняющим обязанности губернатора Калининградской области.
6 октября 2016 года стало известно, что Евгений Зиничев ушел в отставку по собственному желанию.
В ноябре 2016 года Зиничев занял должность заместителя директора ФСБ.
Награжден государственными наградами.