На территории будущего заказника обитает 13 видов редких и находящихся под угрозой исчезновения животных и птиц, среди которых есть представители Красной книги России: ирбис, манул и алтайский улар. Главной задачей заказника будет поддержание популяции снежного барса. Также создание ООПТ позволит бороться с незаконной охотой на сибирского козерога — основную кормовую базу ирбиса.