Ученые из России приблизились к раскрытию секрета рождения "супербактерий"

© Fotolia / ET1972Чашка Петри с бактериямиЧашка Петри с бактериями
Подпишись на ежедневную рассылку РИА Наука

Спасибо за подписку

Пожалуйста, проверьте свой e-mail для подтверждения подписки

МОСКВА, 2 ноя – РИА Новости. Российские биоинформатики создали компьютерный алгоритм, который позволяет быстро находить гены "супербактерий" в ДНК микрофлоры кишечника человека и раскрывать пути эволюции и распространения этих участков генома, говорится в статье, опубликованной в журнале Bioinformatics.

"Как правило, появление таких генов среди микробов микрофлоры не несет риска для человека, но, если он заражается болезнетворными микробами, эти гены могут передаться им от безобидных бактерий кишечника. Наш алгоритм позволяет получать информацию об этих генах и подбирать наиболее рациональные варианты употребления антибиотиков, что поможет сдержать распространение "супербактерий", — пишут Владимир Ульянцев и его коллеги из Университета ИТМО в Санкт-Петербурге.

Бактериальная инфекция
Биологи открыли микробов, целенаправленно вызывающих рак прямой кишки

В последние годы перед медиками все шире и острее становится проблема появления так называемых "супер-бактерий" – микробов, стойких к действию одного или нескольких антибиотиков. Среди них есть как редкие возбудители инфекций, так и очень распространенные и опасные патогены, такие как золотистый стафилококк (Staphilococcus aureus) или пневмококк (Klebsiella pneumoniae). Возникла реальная опасность того, что все антибиотики потеряют свою эффективность и медицина вернется в "темные века".

Главными "инкубаторами" таких микробов, как считают ученые сегодня, являются больницы и  животноводческие фермы, где антибиотики используются для ускорения роста мясных пород скота.  И на фермах, и в больницах сосредоточены большие количества и потенциальных носителей инфекции, и самих бактерий, и антибиотиков, заставляющих их эволюционировать и не дающих "обычным" бактериям вытеснить менее плодовитых супер-микробов.

Недавно российские ученые показали, что еще одним важным "инкубатором" этих супербактерий может быть человеческий кишечник и живущие там полезные или безобидные микробы микрофлоры, часто контактирующие с антибиотиками при лечении их хозяев от болезней.

Выращивание бактерий на питательной среде в лаборатории. Архивное фото
У пациентов американских клиник нашли неизвестные супербактерии

Поиск этих генов, как отмечают Ульянцев и его коллеги, является крайне сложной задачей – в нашем кишечнике и в других частях организма обитают десятки миллионов микробов, и расшифровка ДНК каждого из них по отдельности займет очень продолжительное время и потребует астрономической суммы денег. Поэтому ученые обычно изучают так называемый метагеном – всю совокупность генов всех микробов и вирусов, обитающих в той или иной среде.

"Обычные" методики анализа метагенома, как рассказывают исследователи, могут находить гены "супербактерий", но не позволяют понять, как и где они могли появиться, и как много микробов ими обладает, и как они могли передаваться от одного вида бактерий к другим. Часто возникают ситуации, что носителями "супергенов" может быть сразу несколько видов бактерий, или же ими может обладать очень небольшое число представителей одного штамма безобидных микробов, из которых они могут попасть в геномы возбудителей болезней.

Российские ученые смогли решить эту проблему, используя методику быстрого анализа и сравнения геномов бактерий микрофлоры, MetaFast, которую они разработали и представили миру в прошлом году.

Бактерии Mycobacterium tuberculosis, возбудитель туберкулеза
Ученые: микрофлора россиян оказалась скрытым пособником "супербактерий"

Используя этот алгоритм, ученые создали новую программу, MetaCherchant, которая может анализировать отдельные гены "супербактерий" и искать их аналоги и прародителей в метагеномном "супе".

Проверяя работу этой программы, Ульянцев и его коллеги открыли "прародителей" нескольких неуязвимых штаммов микроба Helicobacter pylori, вызывающего желудочные инфекции и рак, анализируя метагеномы, собранные в больницах Казани до и после попыток избавиться от колоний этих бактерий при помощи антибиотиков.

Подобный подход, как отмечают биоинформатики, позволит их коллегам изучать эволюцию подобных микробов в кишечнике человека и разрабатывать методики борьбы с ними, которые бы максимально сдерживали их дальнейшее развитие.

РИА Наука
Чемпионат мира по футболу 2018
22 июня 15:00
-
Бразилия
-
Коста-Рика
22 июня 18:00
-
Нигерия
-
Исландия
22 июня 21:00
-
Сербия
-
Швейцария
23 июня 15:00
-
Бельгия
-
Тунис
Чемпионат мира по футболу 2018
22 июня 15:00
-
Бразилия
-
Коста-Рика
22 июня 18:00
-
Нигерия
-
Исландия
22 июня 21:00
-
Сербия
-
Швейцария
23 июня 15:00
-
Бельгия
-
Тунис
Наверх
Авторизация
He правильное имя пользователя или пароль
Войти через социальные сети
Регистрация
E-mail
Пароль
Подтверждение пароля
Введите код с картинки
He правильное имя пользователя или пароль
* Все поля обязательны к заполнению
Восстановление пароля
E-mail
Инструкции для восстановления пароля высланы на
Смена региона
Идет загрузка...
Произошла ошибка... Повторить
правила комментирования материалов

Регистрация пользователя в сервисе РИА Клуб на сайте Ria.Ru и авторизация на других сайтах медиагруппы МИА «Россия сегодня» при помощи аккаунта или аккаунтов пользователя в социальных сетях обозначает согласие с данными правилами.

Пользователь обязуется своими действиями не нарушать действующее законодательство Российской Федерации.

Пользователь обязуется высказываться уважительно по отношению к другим участникам дискуссии, читателям и лицам, фигурирующим в материалах.

Публикуются комментарии только на тех языках, на которых представлено основное содержание материала, под которым пользователь размещает комментарий.

На сайтах медиагруппы МИА «Россия сегодня» может осуществляться редактирование комментариев, в том числе и предварительное. Это означает, что модератор проверяет соответствие комментариев данным правилам после того, как комментарий был опубликован автором и стал доступен другим пользователям, а также до того, как комментарий стал доступен другим пользователям.

Комментарий пользователя будет удален, если он:

  • не соответствует тематике страницы;
  • пропагандирует ненависть, дискриминацию по расовому, этническому, половому, религиозному, социальному признакам, ущемляет права меньшинств;
  • нарушает права несовершеннолетних, причиняет им вред в любой форме;
  • содержит идеи экстремистского и террористического характера, призывает к насильственному изменению конституционного строя Российской Федерации;
  • содержит оскорбления, угрозы в адрес других пользователей, конкретных лиц или организаций, порочит честь и достоинство или подрывает их деловую репутацию;
  • содержит оскорбления или сообщения, выражающие неуважение в адрес МИА «Россия сегодня» или сотрудников агентства;
  • нарушает неприкосновенность частной жизни, распространяет персональные данные третьих лиц без их согласия, раскрывает тайну переписки;
  • содержит ссылки на сцены насилия, жестокого обращения с животными;
  • содержит информацию о способах суицида, подстрекает к самоубийству;
  • преследует коммерческие цели, содержит ненадлежащую рекламу, незаконную политическую рекламу или ссылки на другие сетевые ресурсы, содержащие такую информацию;
  • имеет непристойное содержание, содержит нецензурную лексику и её производные, а также намёки на употребление лексических единиц, подпадающих под это определение;
  • содержит спам, рекламирует распространение спама, сервисы массовой рассылки сообщений и ресурсы для заработка в интернете;
  • рекламирует употребление наркотических/психотропных препаратов, содержит информацию об их изготовлении и употреблении;
  • содержит ссылки на вирусы и вредоносное программное обеспечение;
  • является частью акции, при которой поступает большое количество комментариев с идентичным или схожим содержанием («флешмоб»);
  • автор злоупотребляет написанием большого количества малосодержательных сообщений, или смысл текста трудно либо невозможно уловить («флуд»);
  • автор нарушает сетевой этикет, проявляя формы агрессивного, издевательского и оскорбительного поведения («троллинг»);
  • автор проявляет неуважение к русскому языку, текст написан по-русски с использованием латиницы, целиком или преимущественно набран заглавными буквами или не разбит на предложения.

Пожалуйста, пишите грамотно — комментарии, в которых проявляется пренебрежение правилами и нормами русского языка, могут блокироваться вне зависимости от содержания.

Администрация имеет право без предупреждения заблокировать пользователю доступ к странице в случае систематического нарушения или однократного грубого нарушения участником правил комментирования.

Пользователь может инициировать восстановление своего доступа, написав письмо на адрес электронной почты moderator@rian.ru

В письме должны быть указаны:

  • Тема – восстановление доступа
  • Логин пользователя
  • Объяснения причин действий, которые были нарушением вышеперечисленных правил и повлекли за собой блокировку.

Если модераторы сочтут возможным восстановление доступа, то это будет сделано.

В случае повторного нарушения правил и повторной блокировки доступ пользователю не может быть восстановлен, блокировка в таком случае является полной.

Чтобы связаться с командой модераторов, используйте адрес электронной почты moderator@rian.ru или воспользуйтесь формой обратной связи.

Заявка на размещение пресс-релиза
Компания
Контактное лицо
Контактный телефон или E-mail
Комментарий
Введите код с картинки
Все поля обязательны к заполнению. Услуга предоставляется на коммерческой основе.
Заявка успешно отправлена