Святейший Патриарх Алексий призывал к тесному сотрудничеству между представителями всех областей светской и церковной культуры. Он постоянно напоминал о необходимости возрождения нравственности и духовной культуры, преодоления искусственных преград между светской и религиозной культурой, светской наукой и религией.
Ряд подписанных Его Святейшеством совместных документов заложил основы для развития сотрудничества Церкви с системами здравоохранения и социального обеспечения, Вооруженными Силами, правоохранительными учреждениями, органами юстиции, учреждениями культуры и другими государственными структурами. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II создана система окормления военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов.
Патриарх выступал со многими миротворческими инициативами в связи с конфликтами на Балканах, армяно-азербайджанским противостоянием, боевыми действиями в Молдавии, событиями на Северном Кавказе, ситуацией на Ближнем Востоке, военной операцией против Ирака и так далее; именно он пригласив к переговорам находящиеся в конфликте стороны во время политического кризиса в России 1993 году.