Проект субмарины был начат в июле 1976 года. Проектированием лодки занималось СКБ‑143 "Малахит".
Подводная лодка была заложена на заводе в Комсомольске‑на‑Амуре (сейчас завод носит название ОАО "Амурский судостроительный завод") в 1991 году. Затем строительство было заморожено из‑за недостатка средств у российского Военно‑морского флота. После появления финансирования завод завершил строительство атомной субмарины.
Водоизмещение атомной подлодки "Нерпа" составляет 8140/12 770 т, максимальная скорость - 30 узлов, максимальная глубина погружения - 600 м, автономность - 100 суток, экипаж - 73 человека.
В 2006 г "Нерпа" была успешна спущена на воду. Спустя два года на субмарине произошло ЧП. 8 ноября 2008 г. во время ходовых испытаний в Японском море несанкционированно сработала система пожаротушения, и в отсеки стала поступать смесь фреона и тетрахлорэтилена. Всего на борту АПЛ находились 208 человек, в результате аварии погибли 20 человек, еще 21 - был госпитализирован с отравлением.
Обвинение по делу об аварии следственные органы предъявили командиру "Нерпы" Дмитрию Лаврентьеву и трюмному машинисту - старшине Дмитрию Гробову.
Лаврентьеву вменялась часть 3 статьи 286 УК РФ (превышение должностных полномочий, повлекшее причинение смерти по неосторожности двум и более лицам), санкция которой предусматривает до десяти лет лишения свободы.
Гробову было предъявлено обвинение по части 3 статьи 109 УК РФ (причинение по неосторожности вследствие ненадлежащего исполнения своих профессиональных обязанностей смерти двум и более лицам). Следствие также обвиняло Гробова в причинении тяжкого вреда здоровью по неосторожности двум членам сдаточной команды вследствие ненадлежащего исполнения профессиональных обязанностей (часть 2 статьи 118 УК РФ). За наиболее тяжкое из преступлений закон предусматривает до пяти лет лишения свободы.
Тихоокеанский флотский суд начал рассматривать это дело в конце июня, заседания проходили в закрытом режиме.
А конце сентября 2011 г. коллегия присяжных оправдала подсудимых по делу об аварии на подводной лодке "Нерпа".